Xml 使用rentrez软件包从NCBI核苷酸结果中提取元信息_Xml_Ncbi_Rentrez

Xml 使用rentrez软件包从NCBI核苷酸结果中提取元信息

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Xml 使用rentrez软件包从NCBI核苷酸结果中提取元信息,xml,ncbi,rentrez,Xml,Ncbi,Rentrez,我有一个登录号列表，我需要从中系统地提取相关信息。我发现rentrez包至少可以使用R和rentrez包来获取这些信息。问题是，我似乎无法以便于提取信息的格式获取数据。使用以下代码时，entrez_fetch函数应检索信息并将其解析为R数据帧： data <- entrez_fetch(db = "nucleotide", id = "AB022765.1", rettype="native", parsed = TRUE) 但

我有一个登录号列表，我需要从中系统地提取相关信息。我发现

rentrez

包至少可以使用R和

rentrez

包来获取这些信息。问题是，我似乎无法以便于提取信息的格式获取数据。使用以下代码时，

entrez_fetch

函数应检索信息并将其解析为R数据帧：

data <- entrez_fetch(db = "nucleotide", id = "AB022765.1", rettype="native", parsed = TRUE)

但我还是犯了同样的错误。有人对我如何解决这个问题有什么建议吗。例如，我想从核苷酸数据库的特定登录号中提取“菌株”名称

谢谢大家!

data <- entrez_fetch(db = "nucleotide", id = "AB022765.1", rettype="native")
doc <- xmlToDataFrame(test)