Arrays 数组元素不是用Perl打印的

我有两套文件。一个文件给出了一个基因名称列表（每行一个基因）。第二个文件有一个基因对列表（例如，=>'1,2'和一个基因对perl行）。基因名称是数字的。我想列出所有可能的基因组合，除了已知的基因对

我的输出应该是：

3,4  
4,5  
6,7  
...  
...  

但是，我得到这样的东西=>

,4  
,5  
,7  

所有第一个元素都不会打印。我不确定代码到底出了什么问题。有人能帮忙吗

我的代码：

#! usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

if (@ARGV !=2) {
   die "Usage: generate_random_pairs.pl <entrez_genes> <known_interactions>\n";
}
my ($e_file, $k_file) = @ARGV;

open (IN, $e_file) or die "Error!! Cannot open $e_file\n";
open (IN2, $k_file) or die "Error!! Cannot open $k_file\n";

my @e_file = <IN>; chomp (@e_file);
my @k_file = <IN2>; chomp (@k_file);

my (%known_interactions, %random_interactions);

foreach my $line (@k_file) {
    my @array = split (/,/, $line);
    $known_interactions{$array[0]} = $array[1];
}

for (my $i = 0; $i <= $#e_file; $i++) {
    for (my $j = $i+1 ; $j <= $#e_file; $j++) {
        if ((exists $known_interactions{$e_file[$i]}) && ($known_interactions{$e_file[$i]} == $e_file[$j])) {next;}
        if ((exists $known_interactions{$e_file[$j]}) && ($known_interactions{$e_file[$j]} == $e_file[$i])) {next;}
        print "$e_file[$i],$e_file[$j]\n";
    }
}

#！usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
如果（@ARGV！=2）{
die“用法：生成\u random\u pairs.pl\n”；
}
我的（$e_文件，$k_文件）=@ARGV；
打开（在$e_文件中）或死亡“错误！！无法打开$e_文件\n”；
打开（IN2，$k_文件）或死亡“错误！！无法打开$k_文件\n”；
我的@e_文件=；chomp（@e_文件）；
我的@k_文件=；chomp（@k_文件）；
我的%（已知交互作用%、随机交互作用%）；
foreach my$行（@k_文件）{
my@array=split（/，/，$line）；
$known_interactions{$array[0]}=$array[1]；
}
对于（my$i=0；$i，您的文件使用CR LF作为行尾，但您所在的系统使用LF作为行尾，因此您的程序输出

"3" <CR> "," "4" <CR> <LF>

或者使用

dos2unix inputfile

或改变

chomp(@e_file);
chomp(@k_file);

到

您的文件使用CR LF作为行尾，但您所在的系统使用LF作为行尾，因此您的程序输出

"3" <CR> "," "4" <CR> <LF>

或者使用

dos2unix inputfile

或改变

chomp(@e_file);
chomp(@k_file);

到

你能展示一些输入文件的例子吗？每行2-3行？Ikegami解决了这个问题。但是，这里仍然是格式。对于entrez=>1\n 2\n 3\n已知交互=>1,2\n 2,3\n 4,5\n这是应该的，但它是1\r\n 2\r\n 3\r\n和1,2\r\n 2,3\r\n 4,5\r\n你能展示一些输入文件的例子吗？每行2-3行Ikegami fixed问题。但格式仍然是这样的。对于entrez=>1\n 2\n 3\n对于已知的交互=>1,2\n 2,3\n 4,5\n这是应该的，但它是1\r\n2\r\n3\r\n和1,2\r\n2,3\r\n4,5\r\n