Awk 转换为'；u'；至'；t'；在FASTA中不更改标题

我正试图弄明白如何将我的混合DNA/RNA转化为多重基因

>header1
atcggtc
atgcgca
>useful header2
aucggca
uucacuu
ucucuca
>header3
agucuau
cuagggc
...

转换为仅DNA格式，而不破坏标题。我的知识到最后

sed 's/u/t/g'

---

但这显然会影响标题。有没有办法避免使用sed更改标题，或者我应该使用另一个命令？我应该寻找什么？

使用

sed

，很容易说“只在选定的行上执行此操作”。一般语法是address命令，其中address可以是正则表达式，以仅匹配第一个字符不是

的行

sed '/^[^>]/s/u/t/g' file.fasta >newfile.fasta

第一个

^

表示行的开头；字符类

[^>]

匹配一个不匹配的字符（换行符或）

sed '/^[^>]/s/u/t/g' file.fasta >newfile.fasta

Awk可能更容易学习，更容易阅读，更容易记忆。Awk中的相同脚本可能看起来像

awk '/^[^>]/{ gsub(/u/,"t") }1' file.fasta >newfile.fasta

---

最后一个

1

不是打字错误；这是一个Awk习语，用于“打印所有行”。

使用

sed

，很容易说“仅在选定行上执行此操作”。一般语法是address命令，其中address可以是正则表达式，以仅匹配第一个字符不是

的行

sed '/^[^>]/s/u/t/g' file.fasta >newfile.fasta

第一个

^

表示行的开头；字符类

[^>]

匹配一个不匹配的字符（换行符或）

sed '/^[^>]/s/u/t/g' file.fasta >newfile.fasta

Awk可能更容易学习，更容易阅读，更容易记忆。Awk中的相同脚本可能看起来像

awk '/^[^>]/{ gsub(/u/,"t") }1' file.fasta >newfile.fasta

---

最后一个

1

不是打字错误；这是一个Awk习语，表示“打印所有行”。

你的意思是想跳过文件中的第一行吗？这意味着我想跳过每一行头行，这是一个多行，但是的，这是正确的方向：）你应该添加一些示例数据，以便其他人可以正确回答。

Awk'/^>/{print；next}{gsub u”，“t”）}1'file.fasta

不要假设愿意帮助您了解

DNA-only格式

或

标题

含义的人。您的问题是告诉我们如何识别“标题”并根据您发布的示例输入显示预期输出，以消除任何混淆或误解的机会。您的意思是要跳过文件中的第一行吗？这意味着我要跳过每一个标题行，这是一个多标题，是的，这是正确的方向：）你应该添加一些样本数据，以便其他人能够正确回答。

awk'/^>/{print；next}{gsub（“u”，“t”）}1'文件。fasta

不要假设人们愿意帮助你知道

仅DNA格式

或

标题

的意思。您的问题是告诉我们如何识别“标题”，并根据您发布的示例输入显示预期输出，以消除任何混淆或误解的机会。@EnricoMariadeAngelis我将您的编辑回滚，认为有点侵入性。我可以在评论中链接到。sed的另一种选择可能是：

sed'/^>/！y/u/t/'文件

@EnricoMariadeAngelis我回滚了您的编辑，认为有点侵入性。我可以在评论中链接到。sed的另一种选择可能是：

sed'/^>/！y/u/t/'文件