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Awk 按顺序重命名fasta标头

awk sed grep

Awk 按顺序重命名fasta标头,awk,sed,grep,Awk,Sed,Grep,我有多个fasta文件，每个文件都有8个头，总是按相同的顺序排列（按种类）。比如说 grep -o -E "^>\w+" batch1.seq jgi jgi augustus_masked augustus_masked augustus_masked jgi augustus_masked augustus_masked 及 给予 不管它们的头是什么，我想将文件夹中文件的所有fasta头（8个）重命名为 Ara Soy Gly Tom Whe Cor Nat Bl

我有多个fasta文件，每个文件都有8个头，总是按相同的顺序排列（按种类）。比如说

 grep -o -E "^>\w+" batch1.seq

 jgi
 jgi
 augustus_masked
 augustus_masked
 augustus_masked
 jgi
 augustus_masked
 augustus_masked
及

给予

不管它们的头是什么，我想将文件夹中文件的所有fasta头（8个）重命名为

Ara
Soy
Gly
Tom
Whe
Cor
Nat
Blu

awk
救援

awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next} 
        /^>/{$1=">"names[++c]}1' names fasta > fasta.new
使用脚本时，请将新标题列表保留在文件
名称中。
awk
救命


awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next} 
        /^>/{$1=">"names[++c]}1' names fasta > fasta.new


使用脚本时，将新标题列表保留在文件
名称中


awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next} 
        /^>/{$1=">"names[++c]}1' names fasta > fasta.new