AWK打印字符串的组合+；bash变量+；一串

我试图用隔离ID重命名fasta文件中的接触，并使用awk将接触编号从1到n

快速文件：

  >NODE_1_length_172477_cov_46.1343
  GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
  TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
  CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

隔离ID是一个变量，因为我要对多个文件执行此操作。我已经到了打印isolateID号的地步，但我需要>isolateID\u号

    for file in /dir/*.fasta
    do
        name=$(basename "$file" .fasta)
        awk '/^>/{print "'"$name"'" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
    done;

这给了我：

 15AR07771
 GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
 TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
 CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

期望输出：

 >15AR0777_1
 GCAGGGCGCAGTTTTTGGAGGCTTGGCAAACCCGTGAGGGAAATTTGGCAGGCAAAATTT
 TGGCGGTCGTGCCGAAAAAAGCGGAGGCGATTTCAAATAAATTGTTTTTCACACATCATC
 CCAAGCGGCAGACGGAGTTTGCAGTCGGACAAATCAGGCAAGGGCGCGCAGAGTAAGTCA

问题是，我应该将字符串放在哪里，以便它将打印>15AR0777_1而不是15AR07771

我尝试了以下几种变体，但都不起作用

  awk '/^>/{print ">'"$name"'" "_" ++i; next}{print}' $file > rename.fasta
  awk '/^>/{print ">'"$name"'" _++i; next}{print}' $file > rename.fasta

谢谢

使用

awk-v awk_var=“$bash_bar”

将shell变量传输到awk脚本中<代码>人工awk:

-v var=val
--assign var=val
       Assign the value val to the variable var, before execution of the program begins.  Such variable values are available to the
       BEGIN rule of an AWK program.

即：

dir/*.fasta中文件的

做
name=$（basename“$file.fasta）
awk-v name=“$name”/^>/{print”>“name”“++i；next}{print}'$file>rename.fasta
完成

以下是它的全awk版本：

awk'
FNR==1{#新建文件，关闭旧文件并命名新文件
关闭（f）#关闭旧的输出文件
n=FILENAME#获取新文件的文件名
gsub（/^.*\/\.fasta$/，“”，n）#删除路径和.fasta
f=“rename_u“n”.fasta”#新的输出文件
}
/^>/ {
$0=“>”n”++i#>名称(编号)
}
{
打印>f#打印到输出文件
}'dir/*.fasta#process.fasta文件在dir中

如果存在文件

dir/15AR07771.fasta

，脚本将生成该文件的

/rename\u 15AR07771.fasta

。（您的版本将所有输出文件写入

rename.fasta

，甚至不附加，您可能需要修复它。）

使用

awk-v awk_var=“$bash_bar”

将shell变量传输到awk脚本中<代码>人工awk:

-v var=val
--assign var=val
       Assign the value val to the variable var, before execution of the program begins.  Such variable values are available to the
       BEGIN rule of an AWK program.

即：

dir/*.fasta中文件的

做
name=$（basename“$file.fasta）
awk-v name=“$name”/^>/{print”>“name”“++i；next}{print}'$file>rename.fasta
完成

以下是它的全awk版本：

awk'
FNR==1{#新建文件，关闭旧文件并命名新文件
关闭（f）#关闭旧的输出文件
n=FILENAME#获取新文件的文件名
gsub（/^.*\/\.fasta$/，“”，n）#删除路径和.fasta
f=“rename_u“n”.fasta”#新的输出文件
}
/^>/ {
$0=“>”n”++i#>名称(编号)
}
{
打印>f#打印到输出文件
}'dir/*.fasta#process.fasta文件在dir中

---

如果存在文件

dir/15AR07771.fasta

，脚本将生成该文件的

/rename\u 15AR07771.fasta

。（您的版本将所有输出文件写入

rename.fasta

，甚至不添加，您可能需要修复它。）

谢谢您的帮助，它可以正常工作。我知道我的代码现在会覆盖每个文件的rename.fasta，这只是出于测试目的。不过我有一个问题，因为我在awk中找到了-v var=val选项，我尝试了以下方法：

awk-v var=“$name”/^>/{print var++I；next}{print}'$file>rename.fasta

，但除了一些隐藏的.nfs000文件之外，它没有产生任何输出，所以基本上我使用了与您的版本相同的方法，只是我没有使用“>”和“\u001”。你知道它为什么会这样吗？@chu esr显然在

print var++i

中，

++

操作符递增

var

（递增后，

var++

），而不是

i

（递增前，

++i

）。测试：

awk'BEGIN{j=2；print i++j；print i”，“j}'

Ah我明白了-这现在是有意义的！谢谢你的帮助。谢谢你的帮助——它很管用。我知道我的代码现在会覆盖每个文件的rename.fasta，这只是出于测试目的。不过我有一个问题，因为我在awk中找到了-v var=val选项，我尝试了以下方法：

awk-v var=“$name”/^>/{print var++I；next}{print}'$file>rename.fasta

，但除了一些隐藏的.nfs000文件之外，它没有产生任何输出，所以基本上我使用了与您的版本相同的方法，只是我没有使用“>”和“\u001”。你知道它为什么会这样吗？@chu esr显然在

print var++i

中，

++

操作符递增

var

（递增后，

var++

），而不是

i

（递增前，

++i

）。测试：

awk'BEGIN{j=2；print i++j；print i”，“j}'

Ah我明白了-这现在是有意义的！谢谢你的帮助。