Awk 提取多列并在其中添加空字符

我有一个以下格式的文件：

TRINITY_DN119001_c0_g1_i1   4   *   0   0   *   *   0   0   GAGCCTCCCTCATGAATGTACCAGCATTTACCTCATAAAGAGCT    *   XO:Z:NM 
TRINITY_DN119037_c0_g1_i1   4   *   0   0   *   *   0   0   TAAGATTAGGTTGTATTCCAG   *   XO:Z:NM 
TRINITY_DN119099_c0_g1_i1   4   *   0   0   *   *   0   0   AGGCAGGCGCTAAACGATTTGCATTTCTCTAATGATTACGCCAG    *   XO:Z:NM

我正在尝试提取第1列和第10列，并将其存储为以下格式（输出文件）：

我现在正在执行以下代码：

cut -d "  " -f1,10 in.txt > out.txt
sed 's/^/>/' out.txt

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但是，无法获取如何获得上述输出。

您可以使用

awk

：

awk '{printf ">%s\n%s\n", $1, $10}' file

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但是请注意，在显示的输出中，它是第1列和第10列，而不是第9列。

如果您的数据在“d”文件中，请尝试gnu sed：

 sed -E 's/^(TRINITY_DN\S+).*\s([ACGT]+).*/\1\n\2/' d

---

TAAGATTAGG

噩梦……哈哈哈@GillesQuenot@oguzismail获取与输出中类似的格式。

cut-f1,10 in.txt | sed的/^/>；s/\t/\n/'

应该可以，那么你是说第1列和第10列，而不是第1列和第9列，对吗？

>TRINITY_DN119001_c0_g1_i1
GAGCCTCCCTCATGAATGTACCAGCATTTACCTCATAAAGAGCT
>TRINITY_DN119037_c0_g1_i1
TAAGATTAGGTTGTATTCCAG
>TRINITY_DN119099_c0_g1_i1
AGGCAGGCGCTAAACGATTTGCATTTCTCTAATGATTACGCCAG

 sed -E 's/^(TRINITY_DN\S+).*\s([ACGT]+).*/\1\n\2/' d