Bash sed中oddlines的输出不显示在单独的行上

我有以下文件：

>A6NGG8_201_I_F
line2 
>B1AK53_719_S_R
line4
>B1AK53_744_D_N
line5
>B7U540_205_R_H
line6 
>B7U540_354_T_M
line7

我想打印出所有的奇数行。我可以通过以下方式做到这一点：

$ sed -n 1~2p file
>A6NGG8_201_I_F
>B1AK53_719_S_R
>B1AK53_744_D_N
>B7U540_205_R_H
>B7U540_354_T_M

所以我想在bash中将每行中的数字作为变量存储，但是我遇到了一个问题-存储sed的结果会将所有输出放在一行上：

#!/bin/bash

line1=$(sed -n 1~2p)
echo ${line1}

其中输出为：

>A6NGG8_201_I_F >B1AK53_719_S_R >B1AK53_744_D_N >B7U540_205_R_H >B7U540_354_T_M

所以当我做一些类似的事情时：

#!/bin/bash

line1=$(sed -n 1~2p)
pos=$(echo ${line1} | awk -F"[__]" 'NF>2{print $2}')
echo ${pos}

我明白了

201

我当然希望：

201
719
744
205
354

---

我如何将sed的结果存储到单独的行中，以便在管道传输到awk语句时正确处理它们？我知道您可以使用

/a

符号，但是当我尝试

sed-n'/1~2p/a'文件时，这在我的bash脚本中不起作用。谢谢
如评论中所述，您需要引用变量以实现此目的：

echo "${line1}"

而不是

echo ${line1}

但是，你可以直接说：

awk -F_ 'NR%2 && NF>2 {print $2}' file

这将处理偶数行，并在其中分开打印
\uu
上的第二个字段，只要有两个以上的字段


从中我观察到FASTA文件可以包含不同的格式。如果是这样的话，我猜您仍然希望在以“>”开头的行中获取ID。这可以翻译为：

awk -F_ '/^>/ && NF>2 {print $2}' file


请参见引用如何保留格式的示例：

文件：

$ cat a
hello
bye

将其读入变量：

$ var=$(< a)

让我们引用

$ echo "$var"
hello
bye

如果您试图从FASTA文件中获取头行，那么您的问题陈述是错误的——头之间的数据可能不止一行。你可以这么做

sed -n '/^>/!d;s/^[^_]*//;s/_.*//p' file.fasta

仅从每个标题行中获取第二个下划线分隔字段；或等效地，在Awk中

awk -F _ '/^>/ { print $2 }' file.fasta

只需引用它：
echo“$line1”
。但是，您可能希望以不同的方式处理清洁部分：此
-F“[\uu]”的逻辑是什么！哦，逻辑是它抓住了两个下划线之间的字符串。谢谢@fedorqui。我也会根据你的帖子改变我的过滤逻辑。很好！如果您开始在不同的位置使用
sed
和
awk
，将一个命令的结果传输到另一个命令，那么很可能您可以同时使用这两个命令：）这可能是重复的，或者至少是近似重复的；这里有许多关于FASTA处理的初级问题。
awk -F _ '/^>/ { print $2 }' file.fasta