Bash 对所有文件执行命令，并使用脚本参数中的文件名存储在新目录中

我想对我目录中扩展名为.fa的所有文件运行脚本。脚本有一个输出目录的参数，我想使用这个参数的文件名

要在一个文件上运行脚本，我将使用：

metaerg.pl  --dbdir /projects/p30777/db DeMMO1_10.fa --sp --tm --outdir DeMMO1_10  --force

其中DeMMO1_10.fa是文件名，DeMMO1_10是为输出创建的新目录的名称。其中约500个文件分为六个目录。我想运行一些类似于：

find . -name '*.fa' -exec metaerg.pl  --dbdir /projects/p30777/db {} --sp --tm --outdir {}  --force \;

但是我不确定应该为--outdir参数设置什么，以便它只传入文件名，而不传入.fa扩展名或路径的其余部分

find . -name '*.fa' -exec sh -c 'metaerg.pl  --dbdir /projects/p30777/db {} --sp --tm --outdir `basename $1 .fa`  --force' sh {} \;

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我们创建一个子shell，并将一个

{}

占位符作为

$1

参数从find exec传递给它（为了一致性，最后一个

sh

是

$0

）。在子shell中，我们获取

$1

参数，并在backticks中使用它来计算

basename（）

，并将结果文本作为

outdir

的参数

谢谢@vtronko，我刚刚测试了find-名称'*.fa'-exec basename{}.fa\；它只返回文件名，没有扩展名。你能解释一下为什么我需要在脚本参数的

basename{}.fa

周围加引号吗？这些是反勾号。你可以在这里阅读上面的内容-谢谢@vtronko，看起来它工作不太正常，只是尝试将其作为批处理作业运行，但失败了，错误：[Thu Apr 2 11:50:17 2020]创建新的输出文件夹：./DeMMO1_4.fa[Thu Apr 2 11:50:17 2020]运行：mkdir-p\.\/DeMMO1\u 4\.fa mkdir:无法创建目录。/DeMMO1\u 4.fa:文件存在[Thu Apr 2 11:50:17 2020]无法运行命令：mkdir-p\.\/DeMMO1\u 4\.fa您确定这与Perl脚本本身无关吗？例如，它可能无法处理目录已经存在的情况。也许问题出在复制品的存在上？我不确定您在脚本中使用了什么逻辑，但可能会在由早期输入生成的输出目录中找到walk，并将其作为新输入处理。从我观察到的情况来看，这似乎是一个无关的问题，-force标志的目的是覆盖预先存在的目录，所以不应该有问题。错误看起来像是

basename{}.fa

正在将扩展名作为目录名分配给文件名。