bash：对于循环，两个变量链接

我有以下问题；包含以下内容的两个目录：

• dir1：类似以下内容的文件列表：

file1.fq file2.fq file3.fq

等等

• dir2：类似以下内容的文件列表：

file1.fq.sa file2.fq.sa file3.fq.sa

我要做的是运行一个同时使用file1.fq和file1.fq.sa的命令

我尝试了以下循环：

fq=dir1/*
sa=dir2/*

for fqfiles in $fq;

do

for sa_files in $sa;

do

mycommand ${sa_files} ${fqfiles} > ${sa_files}.cc &

done

done

问题是我的循环执行以下操作：

mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc  #correct

而且

mycommand file1.fq.sa file2.fq > file1.fq.sa.cc  #wrong!

等等…在一个几乎无限的循环中

我希望我的循环能够产生如下结果：

mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc
mycommand file2.fq.sa file2.fq > file2.fq.sa.cc
mycommand file3.fq.sa file3.fq > file3.fq.sa.cc

等等

你能帮帮我吗

谢谢大家!

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Fabio

您可以循环使用

dir1

，在文件上使用，然后以

dir2

作为前缀，并附加所需的扩展名。您可能还希望检查第二个目录中的文件，并仅在两个文件都可用时运行命令

for f in dir1/*.fq; do
    b=$(basename "$f")
    f2=dir2/"$b".sa
    if test -f "$f2"; then
        mycommand "$f2" "$f" >"$b".sa.cc
    fi
done

如果不需要目录部分，请使用此部分

mycommand "$b".sa "$b" >"$b".sa.cc

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您可以循环使用

dir1

，在文件上使用，然后以

dir2

作为前缀，并附加所需的扩展名。您可能还希望检查第二个目录中的文件，并仅在两个文件都可用时运行命令

for f in dir1/*.fq; do
    b=$(basename "$f")
    f2=dir2/"$b".sa
    if test -f "$f2"; then
        mycommand "$f2" "$f" >"$b".sa.cc
    fi
done

如果不需要目录部分，请使用此部分

mycommand "$b".sa "$b" >"$b".sa.cc

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伟大的它起作用了！非常感谢。我将详细研究basename选项！伟大的它起作用了！非常感谢。我将详细研究basename选项！