Bash 对具有匹配字符串的一对文件（不同的文件类型）运行命令

我有一个文件列表：

catfish.fa
polar.fa
catfish.ids.txt
polar.ids.txt

我想用匹配的字符串为每个文件运行这个命令。例如，我想运行以下程序：

cat catfish.fa | seqkit grep-f catfish.ids.txt>catfish.output.fa

同样地

cat polar.fa | seqkit grep-f polar.ids.txt>polar.output.fa

如何为目录中的每个文件对并行运行此命令？谢谢你的帮助

与bash的：

filename=${f%.*}提取不带扩展名的文件名，有关说明，请参阅。 if的目的是仅挑出以.fa结尾的文件，这些文件具有相应的.ids.txt文件。

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如果希望在每一对上并行运行所有内容，请在cat${f}.fa的末尾附加一个&。。。文件注意不要生成太多并行任务

这将为每个CPU核心并行运行一个作业：

parallel 'cat {} | seqkit grep -f {.}.ids.txt > {.}.output.fa' ::: *fa

我可以建议你先用-dry-run跑步吗，这样你就可以知道要跑什么了

parallel --dry-run 'cat {} | seqkit grep -f {.}.ids.txt > {.}.output.fa' ::: *fa

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还考虑花20分钟阅读第1章+ 2本书GNU并列2018打印：在线：。您的命令行会喜欢您的。

感谢您提供的优秀资源。当我尝试此操作时，终端仅返回一个>。我正在使用macOS，已安装并行命令。缺少End。修正了。是的，我一直看着它，感觉好像它缺了一个。谢谢你的帮助，你的书好极了。我会花时间学习它。

parallel 'cat {} | seqkit grep -f {.}.ids.txt > {.}.output.fa' ::: *fa

parallel --dry-run 'cat {} | seqkit grep -f {.}.ids.txt > {.}.output.fa' ::: *fa