bash进程替换中的GNU并行参数占位符

我有下面的GNU并行命令

parallel --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out pdom-{}-diginorm.fq \
        pdom-{}.fq.gz \
    ::: 200bp 500bp 1kb 3kb 8kb

我想在写入磁盘之前压缩输出。通常我只是将其通过管道传输到

gzip-c

，但不幸的是，这个特定的Python脚本没有将输出发送到stdout的选项。然后我想我可以用过程替代。我尝试了以下方法

parallel --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out >(gzip -c - > pdom-{}-diginorm.fq.gz) \
        pdom-{}.fq.gz \
    ::: 200bp 500bp 1kb 3kb 8kb

但是，后一个示例中的大括号由子流程逐字解释，而不是作为GNU并行参数的占位符。有什么办法可以让它工作吗？

你的问题是>（）在GNU并行程序启动之前就被解释了。因此，您需要引用这一点，以将其提供给GNU Parallel：

parallel --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out '>(gzip -c - > pdom-{}-diginorm.fq.gz)' \
        pdom-{}.fq.gz \
    ::: 200bp 500bp 1kb 3kb 8kb

对于版本>20140822，您可以执行以下操作：

parallel --plus --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out '>(gzip > {..}-diginorm.fq.gz)' \
        {} \
    ::: pdom-*