对于bash脚本中的作业，使用两个扩展名文件进行循环的最佳方法是什么？

如何同时处理两个扩展名不同的文件。更重要的是，file.fa等文件与file.qv关联，需要同时处理

问题：假设您不知道文件名（basename）和文件数（可能少于数百），只知道这两个文件的文件扩展名

我试过：

for i in `ls -1 -v $input_reads_dir/reads/*.csfasta $input_reads_dir/reads/*.qual` ;do
    job -o /out{i} {i}.fa {i}.qv
done

问题：

它不起作用

我担心它可能被

file1.csfasta

和

file2.qual误导，这是不正确的，或者我不应该害怕

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首先检查相应的文件是否存在

for f in *.csfasta
do
  if [ -f "${f%.csfasta}.qual" ]
  then
    dosomething "$f" "${f%.csfasta}.qual"
  fi
done

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首先检查相应的文件是否存在

for f in *.csfasta
do
  if [ -f "${f%.csfasta}.qual" ]
  then
    dosomething "$f" "${f%.csfasta}.qual"
  fi
done

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首先检查相应的文件是否存在

for f in *.csfasta
do
  if [ -f "${f%.csfasta}.qual" ]
  then
    dosomething "$f" "${f%.csfasta}.qual"
  fi
done

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首先检查相应的文件是否存在

for f in *.csfasta
do
  if [ -f "${f%.csfasta}.qual" ]
  then
    dosomething "$f" "${f%.csfasta}.qual"
  fi
done

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我打电话给ls bcz是为了确保我在处理与A.csfasta A.qual相同的文件，并希望从中生成输出。这不是解析

ls

output的原因。不要那样做。在Ignacio的回答中使用glob。我正在调用ls bcz，我想确保我正在处理与a.csfasta a.qual相同的文件，并希望从中生成输出。这不是解析

ls

输出的原因。不要那样做。在Ignacio的回答中使用glob。我正在调用ls bcz，我想确保我正在处理与a.csfasta a.qual相同的文件，并希望从中生成输出。这不是解析

ls

输出的原因。不要那样做。在Ignacio的回答中使用glob。我正在调用ls bcz，我想确保我正在处理与a.csfasta a.qual相同的文件，并希望从中生成输出。这不是解析

ls

输出的原因。不要那样做。在Ignacio的回答中使用类似glob的选项。这对我不起作用：（但是，我在脚本中已经检查了文件的存在性，所以我认为没有必要这样做。（什么都没有发生，只是工具显示了他的输入参数）对于f in$input\u reads\u dir/reads/*.csfasta do solid2fastq-o$output\u dir/before\u qc/$f“${f%.csfasta}.qual” done@unique379

$f

是代码段中文件的完整路径。如果要将输出路径粘贴到裸文件名上，则需要使用

basename

或类似工具来深入到裸文件名。这对我不起作用：（但是，我以前在脚本中已经检查了文件存在性，因此，我认为没有必要这样做。（什么也没发生，只是工具显示了他的输入参数）f在$input\u reads\u dir/reads/*.csfasta do solid2fastq-o$output\u dir/before\u qc/$f“${f%.csfasta}.qual” done@unique379

$f

是代码段中文件的完整路径。如果要将输出路径粘贴到裸文件名上，则需要使用

basename

或类似工具来深入到裸文件名。这对我不起作用：（但是，我以前在脚本中已经检查了文件存在性，因此，我认为没有必要这样做。（什么也没发生，只是工具显示了他的输入参数）f在$input\u reads\u dir/reads/*.csfasta do solid2fastq-o$output\u dir/before\u qc/$f“${f%.csfasta}.qual” done@unique379

$f

是代码段中文件的完整路径。如果要将输出路径粘贴到裸文件名上，则需要使用

basename

或类似工具来深入到裸文件名。这对我不起作用：（但是，我以前在脚本中已经检查了文件存在性，因此，我认为没有必要这样做。（什么也没发生，只是工具显示了他的输入参数）f在$input\u reads\u dir/reads/*.csfasta do solid2fastq-o$output\u dir/before\u qc/$f“${f%.csfasta}.qual” done@unique379

$f

是代码段中文件的完整路径。如果要将输出路径粘贴到裸文件名上，则需要使用

basename

或类似工具来获取裸文件名。