Bash 匹配两个文件中的行的步骤_Bash_Perl_Awk_Grep

Bash 匹配两个文件中的行的步骤

bash perl awk grep

Bash 匹配两个文件中的行的步骤,bash,perl,awk,grep,Bash,Perl,Awk,Grep,我有两个以制表符分隔的文件：归档 chrM 150 chrM 5581 chr1 717485 chr1 719097 150 . T C 7807.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=31.61;VQSLOD=3.92;culprit=MQ;EFF=intergen

我有两个以制表符分隔的文件：

归档

chrM    150
chrM    5581
chr1    717485
chr1    719097

150 .   T   C   7807.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=31.61;VQSLOD=3.92;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,247:247:99:7836,727,0
chrM    195 .   C   T   5638.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;QD=32.04;VQSLOD=3.62;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,176:176:99:5667,517,0
chrM    199 rs72619362  T   C   5058.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=29.93;VQSLOD=4.68;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,169:169:99:5087,472,0
chrM    204 rs3135032   T   C   4110.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=0;QD=24.47;VQSLOD=2.90;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,168:168:99:4139,435,0
chrM    217 rs41531144  T   C   4589.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=31.22;VQSLOD=4.51;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,147:147:99:4618,418,0

文件B

chrM    150
chrX    5581
chr1    717485
chr2    719097

150 .   T   C   7807.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=31.61;VQSLOD=3.92;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,247:247:99:7836,727,0
chrM    195 .   C   T   5638.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;QD=32.04;VQSLOD=3.62;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,176:176:99:5667,517,0
chrM    199 rs72619362  T   C   5058.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=29.93;VQSLOD=4.68;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,169:169:99:5087,472,0
chrM    205 rs3135032   T   C   4110.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=0;QD=24.47;VQSLOD=2.90;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,168:168:99:4139,435,0
chrM    214 rs41531144  T   C   4589.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=31.22;VQSLOD=4.51;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,147:147:99:4618,418,0

应仅打印两个文件中存在的行：

   chrM 150

    chr1    717485

第二个问题如果两个文件中都有多个列，如何仍然匹配两个文件的前两列，如果匹配，则打印第一个文件中的行。样本数据

归档

chrM    150
chrM    5581
chr1    717485
chr1    719097

150 .   T   C   7807.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=31.61;VQSLOD=3.92;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,247:247:99:7836,727,0
chrM    195 .   C   T   5638.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;QD=32.04;VQSLOD=3.62;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,176:176:99:5667,517,0
chrM    199 rs72619362  T   C   5058.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=29.93;VQSLOD=4.68;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,169:169:99:5087,472,0
chrM    204 rs3135032   T   C   4110.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=0;QD=24.47;VQSLOD=2.90;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,168:168:99:4139,435,0
chrM    217 rs41531144  T   C   4589.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=31.22;VQSLOD=4.51;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,147:147:99:4618,418,0

文件B

chrM    150
chrX    5581
chr1    717485
chr2    719097

150 .   T   C   7807.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=31.61;VQSLOD=3.92;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,247:247:99:7836,727,0
chrM    195 .   C   T   5638.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;QD=32.04;VQSLOD=3.62;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,176:176:99:5667,517,0
chrM    199 rs72619362  T   C   5058.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=29.93;VQSLOD=4.68;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,169:169:99:5087,472,0
chrM    205 rs3135032   T   C   4110.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=0;QD=24.47;VQSLOD=2.90;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,168:168:99:4139,435,0
chrM    214 rs41531144  T   C   4589.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=31.22;VQSLOD=4.51;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,147:147:99:4618,418,0

输出

150 .   T   C   7807.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=31.61;VQSLOD=3.92;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,247:247:99:7836,727,0
chrM    195 .   C   T   5638.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;QD=32.04;VQSLOD=3.62;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||) GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,176:176:99:5667,517,0
chrM    199 rs72619362  T   C   5058.77 PASS    AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=29.93;VQSLOD=4.68;culprit=MQ;EFF=intergenic_region(MODIFIER||||||||)  GT:AD:DP:GQ:PL  1/1:0,169:169:99:5087,472,0

谢谢

从

中的文件（

-f

）

中选择一个或多个换行分隔模式：

% grep -f A B   
chrM    150
chr1    717485

grep-f

是。。。但约翰西韦布已经指出了这一点

从

man grep

：

-f FILE，--FILE=FILE

从文件中获取模式，每行一个。空文件包含零模式，因此不匹配任何内容。（-f由 POSIX.）

使用

awk

您还可以执行以下操作：

$ awk 'FNR==NR {a[$0]; next} $0 in a' f1 f2
chrM    150
chr1    717485

更新如果必须只匹配前两列，则不能再使用

grep

（至少在简单模式下）。此

awk

使其（更新，！）：

您可以将其中一个文件读入

%s

散列，其中键是行，使用散列作为查找表循环另一个文件

perl -ne 'BEGIN{local @ARGV=pop; @s{<>} = ()} print if exists $s{$_}' fileA fileB

perl-ne'BEGIN{local@ARGV=pop；@s{}=（）}如果存在$s{$}文件a文件b，则打印

开关：

```
-n
```
：为输入文件中的每一行创建
```
while（）{…}
```
循环
```
-e
```
：告诉
```
perl
```
在命令行上执行代码

还有一个问题，如果我的文件B有多列，那么我应该在上面的命令中进行哪些编辑。@Angelo mmm您能用一些示例数据更新您的问题吗？以便更清楚地了解您的确切含义以及所需的输出。谢谢wrt awk解决方案-只需切换文件顺序，您就不需要将整个文件1存储在内存中并显式地编写打印命令，例如，

awk'NR==FNR{a[$1，$2]；next}（$1，$2）在'f2 f1

中。