如何在BASH上运行使用GNU parallel获取多个参数的python脚本？

我有一个python脚本，通常从BASH shell执行，如下所示：

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut

正如您所看到的，一些参数需要输入，例如-rec，而其他参数则不需要输入，例如-neut。我必须用不同的输入执行这个脚本154次。如何使用GNU并行脚本并行运行8个线程

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor2.pdb -lig ligand2.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor3.pdb -lig ligand3.mol -cmethod gas -neut
...

示例commands.txt生成器脚本：

#!/usr/bin/env bash

if [ "$#" -ne 1 ]; then
    echo "missing parameter: n"
    exit 1
fi

rm commands.txt 2> /dev/null 
dockp=$(which dockprep.py)

for((i=1;i<=$1;i++)); do
  echo "pychimera $dockp -rec receptor$i.pdb -lig ligand$i.mol -cmethod gas -neut" >> commands.txt
done

如果你需要n是100

要并行运行命令，请执行以下操作：

$ module load parallel
$ parallel < commands.txt

我想你想要这个：

parallel 'pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor{}.pdb -lig ligand{}.mol -cmethod gas -neut' ::: {1..154}

如果您的CPU核不是8个，并且一次特别需要8个进程，请使用：

parallel -j8 ...

如果要查看在不实际运行任何命令的情况下运行的命令，请使用：

parallel --dry-run ...

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您需要创建一个包含所有命令的文件。您可以自动生成该文件，我们可以提供足够的信息来帮助您生成该文件。然后模块加载parallel&¶llelparallel --dry-run ...