Bash Perl system（）调用转义元字符

我的学生编写了一个简单的程序，调用系统来cat一些文件，但出于某种原因，它在不应该的时候逃逸了*元字符

#!/opt/anaconda3/bin/perl

# catfastq.pl

# the following 'use' just makes the script print warnings and controles variable scoping (i.e. I have to place 'my' before a new variable declaration)
use warnings;
use strict;

# define array of letters that you will use in the file names
my @letter = ('A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'J', 'L', 'M', 'N', 'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V', 'X', 'Z');

# store full path to where fastq files are in 'readdir' variable
my $readdir = '/home/data/madzays/finch_data/firstrun';

# store name of output directory in 'outdir' variable
my $outdir = '/home/data/madzays/finch_data/firstrun/combined';

# make output directory if it doesn't exist already
if (!-d $outdir)
{
        if (!mkdir($outdir))
        {
                print STDERR "Couldn't create output directory\n";
                exit 1;
        }
}

# loop through each element of the 'letter' array (note that the element will be stored in the 'lib' variable)
foreach my $lib (@letter)
{
        # the system function executes a command just like if you were to type it in the bash terminal

        # concatenate R1 files
        system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*R1_001.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R1.fastq");

        # concatenate R2 files
        system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*R2_001.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R2.fastq");
}

exit;

这是输出：

cat:/home/data/madzays/finch_data/firstrun/RSFV1S*R2_001.fastq: No such file or directory 
cat:/home/data/madzays/finch_data/firstrun/RSFV1T*R1_001.fastq: No such file or directory 
cat:/home/data/madzays/finch_data/firstrun/RSFV1T*R2_001.fastq: No such file or directory 
cat:/home/data/madzays/finch_data/firstrun/RSFV1U*R1_001.fastq: No such file or directory 
cat:/home/data/madzays/finch_data/firstrun/RSFV1U*R2_001.fastq: No such file or directory

例如，文件就在那里

RSFV1S_S37_L005_R1.fastq  RSFV1S_S37_L005_R2.fastq  RSFV1S_S37_L006_R1.fastq  RSFV1S_S37_L006_R2.fastq  RSFV1S_S37_L007_R1.fastq  RSFV1S_S37_L007_R2.fastq

有什么想法可能是错误的吗？

Perl没有逃脱*。问题是sh没有找到任何匹配项，它只在找到匹配项时扩展*

$ echo fi*le
fi*le

$ touch file

$ echo fi*le
file

问题是您正在使用

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*R1_001.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R1.fastq");

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*R2_001.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R2.fastq");

当你应该使用

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*001_R1.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R1.fastq");

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*001_R2.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R2.fastq");

Perl没有转义*。问题是sh没有找到任何匹配项，它只在找到匹配项时扩展*

$ echo fi*le
fi*le

$ touch file

$ echo fi*le
file

问题是您正在使用

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*R1_001.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R1.fastq");

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*R2_001.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R2.fastq");

当你应该使用

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*001_R1.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R1.fastq");

system("cat ${readdir}/RSFV1${lib}*001_R2.fastq > ${outdir}/RSFV1${lib}_R2.fastq");

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由于某种原因，它会在不应该的时候逃逸*元字符，但不会。当没有匹配项时，sh不会展开*。确切地说，请查看此链接：是您的shell执行解释通配符的魔法，而不是cat命令的cat命令。它是完全透明的，它只接收来自其父进程shell的参数列表！！！在您的例子中，您直接从perl进程调用cat命令！同时检查：@Allan搞错了。你涉及到了炮弹。如果没有匹配项，它就不会展开。这可以用sh-c'echo nonexistent*'@Allan，不，我是说systemEXPR是system'/bin/sh'的缩写，'-c'，EXPR看到，如果EXPR不包含除空格以外的shell元字符，有一个优化可以避免shell，但这里不是这样。您的shell不同意，我比您更信任它。您可能在错误的目录中查找，或者可能在名称中没有看到字符。或者它们可能在那里，但是权限问题阻止它们被看到，尽管我认为这会给出不同的错误消息。当没有匹配项时，sh不会展开*。确切地说，请查看此链接：是您的shell执行解释通配符的魔法，而不是cat命令的cat命令。它是完全透明的，它只接收来自其父进程shell的参数列表！！！在您的例子中，您直接从perl进程调用cat命令！同时检查：@Allan搞错了。你涉及到了炮弹。如果没有匹配项，它就不会展开。这可以用sh-c'echo nonexistent*'@Allan，不，我是说systemEXPR是system'/bin/sh'的缩写，'-c'，EXPR看到，如果EXPR不包含除空格以外的shell元字符，有一个优化可以避免shell，但这里不是这样。您的shell不同意，我比您更信任它。您可能在错误的目录中查找，或者可能在名称中没有看到字符。或者它们在那里，但是权限问题阻止它们被看到，尽管我认为这会给出不同的错误消息。谢谢！当你说你的外壳不同意时，你是对的，我比你更信任它；非常感谢。当你说你的外壳不同意时，你是对的，我比你更信任它；