Bash 在matlab中调用外部脚本并捕获输出

嘿，我有一个bash命令，它根据读取的一些文件来回显字符串。简单地说就是这样

for line in `cat file`
do
if [ "$line" == "IwantThisLine" ]
then   
echo "True"
fi
done

我把它保存为自己的脚本。它叫readRef.sh。所以现在我想在matlab中调用它，并将它输出的任何内容存储在一个变量中！我不完全确定如何做到这一点，在系统（）上使用evalc（）时，我似乎遇到了一个错误。但可能只是我弄乱了报价

我试过类似的东西

evalc(system(['./readRef.sh ' bamfile']))

“bamfile”是一个变量，它只是指向bamfile路径的字符串

我得到这个错误

>> tes = evalc(system(['./readRef.sh ' smplBamFile])) 
hg18 
??? Undefined function or method 'evalc' for input arguments of type 'double'.

---

巧合的是，它确实吐出了“hg18”，这就是我想要设置的matlab变量。

哦，我明白了。我认为您根本不需要

evalc

。阅读本手册，您只需执行以下操作：

[status, result] = system('echo True; echo "I got a loverly bunch of coconuts"')

而

结果

将

True
I got a loverly bunch of coconuts

所以，只要做：

 [status, result] = system(['./readRef.sh ' smplBamFile])

evalc

不起作用的原因是它要求它的输入是一个字符串中的Matlab表达式，但您正在将

system

的结果传递给它

你可以试试：

 evalc("system(['./readRef.sh ' smplBamFile])")

---

查看我如何将

系统（…）

作为字符串传递？

出现此错误的原因是

系统（…）

返回它运行的命令的返回代码，而不是它的输出。要捕获其输出，请使用

[~, output] = system(...)
tes = evalc(output);

---

那么，您能否提供您试图运行脚本的

evalc

/

系统

命令以及附带的错误消息？（顺便提一下-当您从bash运行脚本时脚本本身是否工作（即

sh./readRef.sh

）是否设置了可执行位？）看起来

smplBamFile

可能不是字符串-是否可以执行

class（['./readRef.sh'smplBamFile]）

？我认为此特定文件在头中没有引用，因为这就是我的脚本读取引用的方式，所以它没有响应任何内容。因此，当我单独运行它时，它返回0。你认为这就是原因吗？如果我输入evalc（0），它会给出完全相同的错误。我相当肯定这就是正在发生的事情。不管怎样，让我们假装它没有给我一个错误。你还能帮我回答原来的问题吗？一个简单的例子就可以了，或者我已经做对了吗？是的，我已经尝试将系统（…）作为字符串传递，但不幸的是，这给了我一个意外的错误。我会尝试你所说的，并让你知道，谢谢。如果你也尝试过将其作为字符串传递，那么请将该尝试和你的错误放在问题中。无论何时你问一个问题，把你所有的尝试和相关的错误信息都放在里面——这将对试图帮助你的人有很大帮助，并防止他们误认为你的问题不是问题。