执行bash脚本100次

我正在编写一个shell脚本，从一个fastq文件（Reads_qc.fastq）中随机选择200000行，在较小的文件（file1.fastq）上运行一个python脚本（counts.py），并计算python脚本生成的输出文件（summary）中的行数。 这是我的密码

cat Reads_qc.fastq |awk '{ printf("%s",$0); n++; if(n%4==0) { printf("\n");} else { printf("\t\t");} }' |shuf  |head -n 200000 |sed 's/\t\t/\n/g' |awk '{print $1 > "file1.fastq"}'

python counts.py file1.fastq > summary

wc -l summary

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您可以建议我如何让脚本执行这些操作100次。

您可以使用while循环，并使用“>>”操作符而不是“>”，将每个操作的结果附加到摘要文件中：

#!/bin/sh

count=100

while [ $count -lt 100 ]
do
    cat Reads_qc.fastq |awk '{ printf("%s",$0); n++; if(n%4==0) { printf("\n");} else { printf("\t\t");} }' |shuf  |head -n 200000 |sed 's/\t\t/\n/g' |awk '{print $1 > "file1.fastq"}'
    # Append to summary file instead of overwrite.
    python counts.py file1.fastq >> summary
    count=`expr $count + 1`
done

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而[“$count”-lt 100]

，也许你的意思是？没有空间，这根本不起作用；它将试图在[100时找到名为

的命令，我怀疑您的计算机上是否安装了一个。而且，
count=100
也不是一个赋值；它需要是
count=100
，没有空格，才能工作（实际上，它将调用
count
作为命令，第一个参数是
=
，第二个参数是
100
）…和
cat foo | bar
与
相比效率极低。我也同意OP的方法效率很低。我只是简单地回答了被问到的问题。我已经编辑了我的帖子以包括适当的间距，谢谢。即使编辑了，仍然试图在[
。假设bash（根据您的标记）而不是
/bin/sh
：
用于（（i=0；i