Bash 在SLURM上运行接受命令行参数的命令

我对使用HPCs和SLURM是完全陌生的，所以我非常感谢这里的指导

我需要迭代运行一个如下所示的命令

kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
               -o "output-SRR3225412"                 \
                         "SRR3225412_1.fastq.gz"       \
                         "SRR3225412_2.fastq.gz"

其中，

SRR3225412

零件在每个交互中都不同

问题是，正如我所发现的，我不能仅仅将它附加到

sbatch

命令的末尾

sbatch --nodes=1          \
       --ntasks-per-node=1 \
       --cpus-per-task=1    \
         kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
                        -o "output-SRR3225412"                 \
                                  "SRR3225412_1.fastq.gz"       \
                                  "SRR3225412_2.fastq.gz"

这个命令不起作用。我得到了错误

sbatch: error: This does not look like a batch script.  The first
sbatch: error: line must start with #! followed by the path to an interpreter.
sbatch: error: For instance: #!/bin/sh

我想问，如何运行

sbatch

命令，指定其运行参数，并为我尝试使用的

kallisto

程序添加命令行参数？最后，我想要一个

#!/bin/bash

for sample in ...
do
    sbatch --nodes=1          \
           --ntasks-per-node=1 \
           --cpus-per-task=1    \
             kallistoCommandOnSample --arg1 a1 \
                                     --arg2 a2 arg3 a3
done

---

错误

sbatch:error:这看起来不像批处理脚本。

是因为

sbatch

需要提交脚本。它是一个批处理脚本，通常是Bash脚本，其中以

#SBATCH

开头的注释由Slurm解释为选项

因此，提交作业的典型方式是创建一个文件，我们将其命名为

submit.sh

：

#! /bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1

kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
               -o "output-SRR3225412"                 \
                         "SRR3225412_1.fastq.gz"       \
                         "SRR3225412_2.fastq.gz"

然后随信提交

sbatch submit.sh

如果您有多个类似的作业要提交，那么出于几个原因使用。要创建的循环可以替换为一个提交脚本，如下所示

#! /bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --array=1-10 # Replace here with the number of iterations in the loop

SAMPLES=(...) # here put what you would loop over
CURRSAMPLE=${SAMPLE[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}
kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
               -o "output-${CURRSAMPLE}"              \
                         "${CURRSAMPLE}_1.fastq.gz"    \
                         "${CURRSAMPLE}_2.fastq.gz"

正如@Carles Fenoy所指出的，如果您不想使用提交脚本，可以使用

sbatch

的

--wrap

参数：

sbatch --nodes=1          \
       --ntasks-per-node=1 \
       --cpus-per-task=1    \
       --wrap "kallisto quant -i '/home/myName/genomes/hSapien.idx' \
                              -o 'output-SRR3225412'                 \
                                        'SRR3225412_1.fastq.gz'       \
                                        'SRR3225412_2.fastq.gz'"

---

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