Bash if-then-else语句将不能正确循环

我想到了如何让一个

if-then-else

语句工作，但现在它似乎坏了=（我搞不清楚出了什么问题

/

中最多有10个名为

barcode01-09

的目录和一个名为unclassified的目录。这个脚本应该进入每个目录，为

~/Taxonomy.R

准备目录（这需要将所有fastq文件压缩并放入名为“data”的子目录中）。然后，它运行

~/Taxonomy.R

脚本，为每个脚本创建一个元数据文件

Edit使用

ls>tmp.txt

创建

tmp.txt

文件，然后

echo“0”>>tmp.txt

创建一个目录牺牲列表，供脚本仔细查看，然后在到达0时停止

#!/bin/bash

source deactivate
source activate R-Env

value=(sed -n 1p tmp.txt)

if [ "$value" = "0" ]
then 
    rm tmp.txt
else
    cd "$(sed -n 1p tmp.txt)"
    gzip *fastq
    #
    for i in *.gz
    do
        mv "$i" "${i%.*}_R1.fastq.gz"; 
    done

    #this adds the direction identifier "R1" to all the fastq.gzips
    mkdir Data
    mv *gz Data
    ~/Taxonomy3.R
    cd Data
    mv * ..
    cd ..
    rm -r Data
    cd ..
    sed '1d' tmp.txt > tmp2.txt
    mv tmp2.txt tmp.txt
fi

---

目前，它只在第一个条形码目录中创建元数据文件。

如果缩进代码，事情会变得更清楚。 另一方面，以这种方式修改tmp.txt文件既慢又危险。最好只通过读取它来遍历它的内容

#!/bin/bash
source deactivate
source activate R-Env

for value in $(<tmp.txt)
do
    cd "$value"
    gzip *fastq

    for i in *.gz
    do
        # This adds the direction identifier "R1" to all the fastq.gzips
        mv "$i" "${i%.*}_R1.fastq.gz"
    done

    mkdir Data
    mv *gz Data
    ~/Taxonomy3.R
    mv Data/* .
    rmdir Data

    cd -
done
rm tmp.txt

！/bin/bash
源停用
源激活R-Env
价值$（作为一条一般性建议，如果您在每个块中使用固定数量的空格对代码进行缩进，将提高代码的可读性。如果您显示一个示例tmp.txt、包含文件的示例目录结构以及一个示例预期结果，这将有所帮助。我们可以尝试并推断它，但您为我们制作的最简单的示例，答案就越好你会得到更多（更快）。