Bash 在lua modulefile中包含源shell脚本

我正在尝试为已安装在群集上的应用程序创建模块文件。要运行该程序，我必须运行一个名为“phenix_env.sh”的脚本，该脚本包含以下内容：

#!/bin/sh
# 
export PHENIX="/src/phenix-1.19.2-4158"
export PHENIX_VERSION=1.19.2-4158
. $PHENIX/build/setpaths.sh

而“setpath.sh”包含以下内容

# THIS IS AN AUTOMATICALLY GENERATED FILE.
# DO NOT EDIT! CHANGES WILL BE LOST.
ocwd="`pwd`"
if [ -n "$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT" ]; then
  cd "$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT"
  LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT=
  export LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT
elif [ -n "$BASH_SOURCE" ]; then
  LIBTBX_BUILD=`dirname "$BASH_SOURCE[0]"`
  cd "$LIBTBX_BUILD"
else
  cd "/util/opt/phenix/1.19.2/gcc/9.1/phenix-1.19.2-4158/build"
fi
LIBTBX_BUILD=`pwd -P`
export LIBTBX_BUILD
LIBTBX_OPATH="$PATH"
export LIBTBX_OPATH
PATH="$LIBTBX_BUILD/bin:$PATH"
export PATH
# DIALS_ENABLE_COMMAND_LINE_COMPLETION
[ -n "$BASH_VERSION" ] && {
 source $(libtbx.find_in_repositories dials/util/autocomplete.sh) && source $LIBTBX_BUILD/dials/autocomplete/bash.sh || echo dials command line completion not available
}
cd "$ocwd"
ocwd=
alias libtbx.setpaths_all=". \"$LIBTBX_BUILD/setpaths_all.sh\""
alias libtbx.unsetpaths=". \"$LIBTBX_BUILD/unsetpaths.sh\""
if [ -n "$LIBTBX_OPATH" ]; then
  LIBTBX_TMPVAL="$LIBTBX_OPATH"
else
  LIBTBX_TMPVAL=
fi
export LIBTBX_TMPVAL
PATH=`libtbx.path_utility prepend LIBTBX_TMPVAL "$LIBTBX_BUILD/bin" < /dev/null`
export PATH
if [ "$PATH" = "L_I_B_T_B_X_E_M_P_T_Y" ]; then unset PATH; fi
LIBTBX_TMPVAL=
LIBTBX_OPATH=
LIBTBX_BUILD=

#这是一个自动生成的文件。
#不要编辑！更改将丢失。
ocwd=“`pwd`”
如果[-n“$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT”]；然后
cd“$LIBTBX\u构建\u重新定位\u提示”
LIBTBX\u构建\u重新定位\u提示=
导出LIBTBX\u生成\u重新定位\u提示
elif[-n“$BASH_SOURCE”]；然后
LIBTBX_BUILD=`dirname“$BASH_SOURCE[0]”`
cd“$LIBTBX_构建”
其他的
cd“/util/opt/phenix/1.19.2/gcc/9.1/phenix-1.19.2-4158/build”
fi
LIBTBX_BUILD=`pwd-P`
导出LIBTBX_构建
LIBTBX_OPATH=“$PATH”
导出LIBTBX_OPATH
PATH=“$LIBTBX_构建/bin:$PATH”
导出路径
#拨号\u启用\u命令\u行\u完成
[-n“$BASH_VERSION”]&&{
source$（libtbx.find_in_repositories dials/util/autocomplete.sh）和&source$libtbx_BUILD/dials/autocomplete/bash.sh | echo dials命令行完成不可用
}
cd“$ocwd”
ocwd=
别名libtbx.setpaths\u all=“.\”$libtbx\u BUILD/setpaths\u all.sh”
别名libtbx.unsetpaths=“.\”$libtbx\u BUILD/unsetpaths.sh”
如果[-n“$LIBTBX_OPATH”]；然后
LIBTBX_TMPVAL=“$LIBTBX_OPATH”
其他的
LIBTBX_TMPVAL=
fi
导出LIBTBX_TMPVAL
PATH=`libtbx.PATH_实用程序前置libtbx_TMPVAL“$libtbx_BUILD/bin”

知道如何为它创建模块文件吗？

你不能。
Lua在子shell中执行shell脚本。
这意味着所有

cd

和

export

命令将只影响该子shell，而不影响Lua脚本运行的父shell。
换句话说，从

os.execute返回后，您的更改将无效

如果允许
require（）
a Lua模块在C上编写，则可以解决此问题。

您需要一个模块，该模块围绕操作系统本机函数提供包装，用于更改当前目录和设置环境变量。
对于最新版本的环境模块（>=4.6），sub命令使您能够生成一个modulefile，其中包含作为参数传递的脚本所做的环境更改

$ module sh-to-mod sh ./phenix_env.sh 
#%Module
prepend-path    PATH /home/user/bin
set-alias       libtbx.setpaths_all {. "/home/xa/setpaths_all.sh"}
set-alias       libtbx.unsetpaths {. "/home/xa/unsetpaths.sh"}
setenv          LIBTBX_BUILD {}
setenv          LIBTBX_OPATH {}
setenv          LIBTBX_TMPVAL {}
setenv          PHENIX /src/phenix-1.19.2-4158
setenv          PHENIX_VERSION 1.19.2-4158

请注意，此处获得的结果并不完全准确，因为我刚刚复制了您描述的脚本，但我没有安装
phenix
软件，该软件被调用以完全设置环境

另请参见此答案：
此模块应该做什么？运行脚本？请提供更多上下文在HPC集群中，我们向用户提供一个模块文件，这意味着包含所有应用程序路径，因此用户可以加载模块并使用应用程序。因此，用户可以使用命令“模块加载”，该命令将所有可执行路径添加到用户路径，以便用户可以运行应用程序。那么，您想要一个加载时执行shell脚本的Lua模块吗？没错！执行phenix_env.sh和“setpath.sh”的Lua模块，因为“phenix_env.sh”调用“setpath.sh”