Bash 如何按照模式拆分列值

我试图通过在链标识符后添加空格来拆分

.pdb

文件的第五列：

ATOM  12107  N   CYS  D1742     -42.369  73.203 -44.599  1.00224.20      C    N  

因此，输出将如下所示：

ATOM  12107  N   CYS  D 1742     -42.369  73.203 -44.599  1.00224.20      C    N  

字母后的数字在整个文件中更改。我试过了

sed -i 's/D/D /5' test.pdb

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如果没有成功，我想我应该引入广义字符来替换字母后面的数字，并在命令中引入它，以便能够迭代地执行此操作。

下面的

awk

可能会对您有所帮助

awk '{$5=substr($5,1,1) FS substr($5,2)} 1' OFS="\t"  Input_file

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如果您需要将输出保存到同一个输入文件中，那么您也可以在上述代码中附加

>临时文件和&mv临时文件输入文件。

使用

sed

您需要自己计算字段，但不会将空格作为副作用进行规范化

$ sed -E 's/((\S+\s+){4}.)/\1 /' file

ATOM  12107  N   CYS  D 1742     -42.369  73.203 -44.599  1.00224.20      C    N 

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使用GNU awk。由于您没有指定字段分隔符是什么，而且它似乎是一串空格（是的，很可能是制表符），因此我使用

split

将分隔符保留到数组

seps

中，并使用

sub

将空格添加到第五个字段中：

$ awk ' {
    n=split($0,a,FS,seps)  # split record to a, preserve separators to seps, keep n
    sub(/D/,"& ",a[5])     # replace first D with D space (not an add :)
    for(i=1;i<=n;i++)      # iterate all a
        b=b a[i] seps[i]   # gather to buffer b
    print b; b=""          # output and clear b
}' file
ATOM  12107  N   CYS  D 1742     -42.369  73.203 -44.599  1.00224.20      C    N 

$awk'{
n=拆分（$0，a，FS，seps）#将记录拆分为a，将分隔符保存到seps，保留n
sub（/D/，“&”，a[5]）#将第一个D替换为D空格（不是add:）
对于（i=1；i这可能适用于您（GNU-sed）：

一列必须由一个或多个非空格字符组成，这将在第五列的第一个和零个或多个字符之间放置一个空格。
I可以工作，但我需要保持格式设置，即在第5、9和10列之后设置制表符，否则pymol将无法读取it@AlessandraZarantonello，不清楚，请在你的问题中说得更清楚些？@Ravinder，我想k您需要设置
OFS=“\t”
并在调整$5I时使用空格而不是OFS，就像您在此任务中使用字符串函数一样。也可以使用正则表达式搜索和替换，但它不会增加清晰度：
awk-v OFS=“\t”{sub（/^，“&”，$5）}1'
您想要
“
不是substr函数之间的OFS

。由于整个LHS在RHS中使用，另一个解决方案是

sed的/\s\+\s\+\{4\}。/&/'文件

sed -r 's/(\S)(\S*)/\1 \2/5' file