在Bash循环脚本中结合使用通配符和下划线展开索引

我有80对以下类型的文件：

170309-N701-S517_S1_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N701-S517_S1_L001_R2_001.fastq.gz
170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz
170309-N701-S503_S3_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N701-S503_S3_L001_R2_001.fastq.gz
..
170309-N710-S507_S79_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N710-S507_S79_L001_R2_001.fastq.gz
170309-N710-S508_S80_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N710-S508_S80_L001_R2_001.fastq.gz

基本上，一对由以下文件组成：

170309-N701-S517_S<ID>_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N701-S517_S<ID>_L001_R2_001.fastq.gz

转到子文件夹S1

170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz
170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz

转到子文件夹S2

等等

我写了以下脚本：

#!/bin/bash
for i in {1..80}
do
   mkdir S$i
   mv "*_S"$i"_*" S$i
done

但它并没有像预期的那样起作用。它创建了子文件夹S1..S80。但是，它没有移动任何文件。它产生了相反的结果

mv: cannot stat `*_S1_*': No such file or directory
mv: cannot stat `*_S2_*': No such file or directory

等等

---

我做错了什么？您能更正脚本吗？

调用

mv“*\u S”$i“\u*”S$i

行时，如果作为扩展的一部分，您希望将变量与其他字符连接起来，则需要让BASH知道什么是变量，什么是普通字符。要做到这一点，请将变量名括在大括号中。例如：

var=FOO
echo "BAR ${var} BAZ"
# BAR FOO BAZ

在循环的情况下：

touch \
  170309-N701-S517_S1_L001_R1_001.fastq.gz\
  170309-N701-S517_S1_L001_R2_001.fastq.gz\
  170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz\
  170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz\
  170309-N701-S503_S3_L001_R1_001.fastq.gz\
  170309-N701-S503_S3_L001_R2_001.fastq.gz

for i in {1..80}
do
if test -n "$(find . -maxdepth 1 -name "*_S${i}_*" -print -quit)"
then
   mkdir "S${i}"
   mv *"_S${i}_"* "S$i"
fi
done

如果fi位存在，只是为了避免为不存在的文件创建目录。完全可选

还要注意的是，为了处理

mv

，必须使用全局字符

*

，因为在

“…”

或

“…”

中，

*

被视为一个文本。

---

但是，在

find

命令中可以看到一个例外，在该命令中，双引号之间的内容将在传递到

find

时展开。要避免在这种情况下展开，参数可以用单引号括起来（

“…”

）

Globs不能用引号展开，请删除引号。您的下划线会导致搜索出现问题，因为它们不在引号内，需要转义。行应该

mv*\\\\\\\\\\\\*

删除引号后，您需要像

${i}

中那样用

${i}

包围变量，否则它将查找名为

$i\/code>@jneville的变量下划线不需要转义，问题是，正如ccarton所提到的，它试图扩展
$i
。用
{}
正确地扩展变量是正确的解决方案。@CharlesDuffy:我认为这个问题不应该作为一个重复来解决。当然，这里的答案与链接中的答案相似，但问题并非如此，因此per不是傻瓜。就我所见，这个问题最大的缺点是标题太不具体。要清楚，只有当紧跟其后的字符（如下划线）在shell变量名中有效时，这才是必要的。
find
在性能方面有点昂贵，这意味着使用两种不同的glob机制（
find
）就在那里，shell后面几行是用于
mv
——如果您启用了shell extglobs和一个更有趣的glob表达式，它们可能不匹配）。我建议
匹配=（*_s“$I”*）；如果[[-e${matches[0]}|-L${matches[0]]；然后…
以避免外部命令启动成本，并确保您可以
mv“${matches[@]}”S$i
稍后，重复使用单个glob操作的结果，而不是重新计算它。@CharlesDuffy：如果我从头开始编写这个例程，它看起来会很不一样。我发布的是一个最小的改进。为了捍卫完美主义，我们在这里建立了一个教育资源；一个答案的生命远远超过了操作It最初是为了它而写的。
touch \
  170309-N701-S517_S1_L001_R1_001.fastq.gz\
  170309-N701-S517_S1_L001_R2_001.fastq.gz\
  170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz\
  170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz\
  170309-N701-S503_S3_L001_R1_001.fastq.gz\
  170309-N701-S503_S3_L001_R2_001.fastq.gz

for i in {1..80}
do
if test -n "$(find . -maxdepth 1 -name "*_S${i}_*" -print -quit)"
then
   mkdir "S${i}"
   mv *"_S${i}_"* "S$i"
fi
done