Bash 在LSF作业数组中引用作业索引

我试图将作业数组中作业的索引作为参数传递给另一个bash脚本

numSims=3
numTreatments=6#使用numTreatments最上面的parameters.csv行
maxFail=10
j=1
而[$j-le$numSims]；
做
b sub-q someQueue-J“mySim[1-$numTreatments]%2”。/other_script.sh$LSB_JOBINDEX$J$maxFail
设j=j+1
完成

这里的最终想法是提交1，…，

numtreats

，

numSims

作业（模拟）。我希望一次运行两个作业（

%2

）。输出的形式为XX_indexNumber_simNumber，其中indexNumber从1开始运行，

numTreatments

，simNumber从1开始运行，

numSims

理想情况下，作为此脚本一部分提交的所有内容都将具有相同的作业ID。这尚未正确设置，因为所有具有相同

j

的作业都被分配了一个不同的作业ID。我的直接问题是另一个\u script.sh没有将

$LSB\u JOBINDEX

识别为输入—它将

$j

和

$maxFail

视为第一个也是唯一两个传递的参数。当我将其他变量替换为

$LSB_作业索引

，没有问题。我做错了什么

---

编辑-我尝试过的一些东西：

“$LSB_JOBINDEX”

，

${LSB_JOBINDEX}

，

%I

，以及

I=$LSB_JOBINDEX；B分公司$I$j$maxFail

来自：

上面的定义将不仅启动一个批处理作业，还将启动100个批处理作业，其中subbob特定的环境变量$LSB_JOBINDEX的值为1到100。然后，可以在实际作业启动命令中使用此变量，以便处理每个子任务

---

在您的例子中，这意味着变量

$LSB_JOBINDEX

可以从脚本

另一个脚本.sh

中获得。您不需要将其作为参数传递，只需访问脚本中的

$LSB\u JOBINDEX

。

我看不到在哪里设置了

$LSB\u JOBINDEX

。因为它是空的，没有引号，所以它好像根本不存在，这与您报告的行为一致。据我所知，

LSB_JOBINDEX

是自动为作业数组定义的，例如，由于某种原因，它不是。无论如何，我建议在它和其他变量周围加上引号。用我尝试过的几个备选方案更新了这个问题。我对

bsub

没有经验，但从您发送的链接来看，

$LSB_JOBINDEX

似乎是通过环境进行通信的，可以从新作业中访问。您是否尝试从

另一个\u script.sh

内部访问

$LSB\u JOBINDEX

，但未将其作为参数传递？再次感谢。在看了半打

$LSB_JOBINDEX

的简单用法之后，我没有给好的描述一个公平的机会。这一课应该渗透到第一个链接的设计者……也可以在命令本身中展开

$LSB_JOBINDEX

，但不幸的是，我在命令参数中没有做到这一点：

numSims=3 
numTreatments=6 # uses numTreatments top rows of parameters.csv
maxFail=10
j=1
while [ $j -le $numSims ];
do
    bsub -q someQueue -J "mySim[1-$numTreatments]%2" ./another_script.sh $LSB_JOBINDEX $j $maxFail
    let j=j+1
done