Bash 将计算命令传递给群集作业

TL；DR 试图将形式为

$（$LSB_JOBINDEX-1））

的计算传递给集群调用，但出现错误

$((2-1)): syntax error: operand expected (error token is "$((2-1))")

我如何正确地转义，或者使用什么替代命令使其工作

详细说明：

为了在我的工作流程中实现自动化，我目前正在尝试编写一个脚本，以预定义的顺序自动发出

bsub

命令

这些命令中的一些是数组作业，每个数组作业都应该处理一个文件。 如果在没有集群调用的情况下完成，它将如下所示：

samplearray=(sample0.fasta sample1.fasta) #array of input files
for s in samplearray
    echo $s #some command on $s
done

bsub -J test[1-2] 'samplearray=(sample0.fastq sample1.fastq)' echo '${samplearray[$(($LSB_JOBINDEX-1))]}'

对于要使用阵列作业的集群调用，此命令如下所示：

samplearray=(sample0.fasta sample1.fasta) #array of input files
for s in samplearray
    echo $s #some command on $s
done

bsub -J test[1-2] 'samplearray=(sample0.fastq sample1.fastq)' echo '${samplearray[$(($LSB_JOBINDEX-1))]}'

它启动两个作业，并将

LSB_JOBINDEX

分别设置为1或2，这就是为什么我需要减去1来正确索引数组

现在的问题在

$（…）

部分，因为在节点上执行的是

${samplearray[$\（\（$LSB\u JOBINDEX-1\）]}

，它不会触发计算，但会引发错误：

$((2-1)): syntax error: operand expected (error token is "$((2-1))")

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我做错了什么？我尝试过其他的转义和引用方法，但这是我得到的最接近正确的解决方案

我不知道bsub最终是如何执行这些命令的，但是你可以删除

$（

和

）

部分，因为数组索引已经是一个算术上下文了@OtherGuy我实际上不知道这一点，我明天会试试，但我相信它可能会解决问题