在群集上安装R包时出现奇怪的C编译器错误

--我能够解决这个问题，请参见下面的最后一次编辑---

我正试图在我的研究所的计算集群上使用R。对于并行计算问题，我想安装snow和Rmpi包。因此，我下载了tar.gz文件并尝试安装pacakges，对于snow，它工作得很好，但是对于Rmpi，发生了一些奇怪的事情：

我首先做的是：

install.packages("/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "/home/myusername/Rpackages/")
* installing *source* package ‘Rmpi’ ...
** Paket ‘Rmpi’ erfolgreich entpackt und MD5 Summen überprüft
checking for gcc... gcc -m64 -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -m64 -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -m64 -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
Trying to find mpi.h ...
Cannot find mpi.h header file
Please use --with-mpi=/path/to/mpi or specify the environment variable MPI_ROOT
ERROR: configuration failed for package ‘Rmpi’
* removing ‘/home/myusername/Rpackages/Rmpi’

好的，所以mpi.h似乎丢失了，我做了一些搜索并找到了要做的事情：指定mpi库的路径：

> install.packages("/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "/home/myusername/Rpackages/", configure.args="--with-mpi=/cm/local/modulefiles/openmpi/gcc/64/1.6.3" )
* installing *source* package ‘Rmpi’ ...
** Paket ‘Rmpi’ erfolgreich entpackt und MD5 Summen überprüft
checking for gcc... gcc -m64 -std=gnu99
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/tmp/Rtmp9qZ8QA/R.INSTALLad327c257ce2/Rmpi':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details

ERROR: configuration failed for package ‘Rmpi’
* removing ‘/home/myusername/Rpackages/Rmpi’
Warnmeldung:
In install.packages("/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz",  :
  Installation des Pakets ‘/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz’ hatte Exit-Status ungleich 0

所以现在没有mpi.h错误，但是C编译器似乎不工作，尽管它以前工作过，我只是在install.packages函数中更改了mpi选项

这里出了什么问题？如何安装软件包

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编辑2：在获得一些帮助后，我找到了如何查找mpi文件的位置，并执行了以下操作：

install.packages("/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "/home/myusername/Rpackages/", configure.args=c("--with-Rmpi-libpath=/usr/mpi/gcc/openmpi-1.6.3/lib64/","--with‌​-Rmpi-type=OPENMPI", "--with-Rmpi-include=/usr/mpi/gcc/openmpi-1.6.3/include/") )

但是，这仍然不起作用，我得到以下错误：

* installing *source* package ‘Rmpi’ ...
** Paket ‘Rmpi’ erfolgreich entpackt und MD5 Summen überprüft
checking for openpty in -lutil... no
checking for main in -lpthread... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -I/usr/mpi/gcc/openmpi-1.6.3/include/  -DMPI2 -DOPENMPI -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic  -c Rmpi.c -o Rmpi.o
Rmpi.c: In Funktion »mpi_bcast«:
Rmpi.c:605:2: Fehler: unbekannter Typname: »R_xlen_t«
make: *** [Rmpi.o] Fehler 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rmpi’

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编辑3：我想出了一个解决问题的办法，由于信息不完整，我想这里没有人能找到。在集群上，R仅安装在版本2.15.2中，但RMPI0.6-5是为R3.0.0或更高版本构建的。Rmpi包中的R版本依赖项指定错误。我下载了一个旧版本（Rmpi 0.6-1），并能够安装这个版本。

我在Ubuntu中安装了libopenmpi dev，并尝试在Rstudio中安装Rmpi。成功了

问题是，如果找不到库，它就无法编译R-package。解决办法是

$ sudo apt-get install libopenmpi-dev

然后重新打开R，安装应该可以工作

R> install.packages('Rmpi')

---

您确定文件夹

/cm/local/modulefiles/openmpi/gcc/64/1.6.3/

包含整个MPI安装吗？通常MPI不会安装到ModuleFile配置中。运行

locate mpi.h

和

locate mpirun

查找实际安装mpi的目录。不，我不确定哪个文件夹实际包含mpi安装，我也不确定是否可以访问此文件夹。

locate mpi.h

和

locate mpirun

都不返回任何东西运行

模块列表

，然后查找对应于为gcc编译的openmpi 1.6.3的条目（例如

openmpi/1.6.3

）。选择该条目并运行

模块加载openmpi/1.6.3

（模块名称可能不同）。然后

哪个mpirun

应该告诉您openmpi的安装位置。因此，有了可用的

模块

我找到了这个：

openmpi/gcc/64/1.6.3

，然后通过

模块加载/cm/local/modulefiles/openmpi/gcc/64/1.6.3

加载它，该模块也显示在

模块列表

之后

哪个mpirun

返回了

/usr/mpi/gcc/openmpi-1.6.3/bin/mpirun

，所以我尝试在Rmpi包安装中使用它：

install.packages（/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz），repos=NULL，type=“source”，lib=“/home/myusername/Rpackages/”，config.args=“--with-with-mpi=/usr/mpi/gcc/Rpackages/pi-1.6.3/bin/mpirun”）

，编译器现在可以工作了，但是再次声明，

mpi.h

找不到，我无法编辑我以前的注释。所以我意识到了可能的错误，我这样做了：

install.packages（“/home/myusername/Rpackages/Rmpi_0.6-5.tar.gz”，repos=NULL，type=“source”，lib=“/home/myusername/Rpackages/”，configure.args=c（“--with Rmpi libpath=/usr/mpi/gcc/openmpi-1.6.3/lib64/”，“--with Rmpi type=openmpi”，“--使用Rmpi include=/usr/mpi/gcc/openmpi-1.6.3/include/”）

，但是，我得到以下错误：

Rmpi.c:In Funktion»mpi\u bcast«：Rmpi.c:605:2:Fehler:unbekanner Typname:»R\u xlen\u t«make**[Rmpi.o]Fehler 1错误：包“Rmpi”的编译失败。