Command line 从Illumina BaseSpace下载数据

我希望能够以fastq格式从BaseSpace下载数据。我知道您可以通过浏览器下载数据，但我想使用Linux命令行来完成这项工作

我已经在考虑创建一个API，但是我没有任何经验

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有没有一种简单的方法来实现这一点？

我正在使用API做同样的事情，但这里的脚本似乎是一个用户友好的包装器，用于同样的事情：

它需要您在选择“创建新应用程序”时收到的凭据；这一点都不难，上面github的自述页面有一些说明。

有一个由Illumina开发的工具，可以简化您想要做的事情。使用basemount，我可以在我的linux机器中装载我的BaseSpace序列集线器

例如，当我运行时：

mkdir BaseSpace    
basemount BaseSpace

我得到一个文件夹（

BaseSpace

），它的目录结构与我的BaseSpace帐户网站上显示的目录结构相同。然后，要将文件从BaseSpace复制到本地计算机，我只需执行以下操作：

cp BaseSpace/path/to/file/fileName /path/in/local/machine/

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请查看，了解如何安装

basemount

并登录到您的BaseSpace帐户。

您可以发布如何使用浏览器进行安装吗？是否有fastaq格式的存档url？如果是这样，您可以尝试wget@Llopis，中介绍了通过浏览器执行此操作的方法。我知道我可以使用

wget

下载东西。我已经尝试过这个方法，但它不起作用。然后你可以选择构建自己的脚本，他们已经有了。似乎特别有趣我担心那是唯一的选择。谢谢，也许有人已经创建了你想要的内容，请看我之前评论的编辑。祝你好运如果你发现了什么（或者创建了你自己的脚本），你能为其他有同样问题的人回答你自己的问题吗。谢谢你的回答。在过去几个月里，我们已经实施了这种方法