Compression DICOM文件压缩

我的工作需要使用DICOM文件。每个DICOM文件在一个目录中构成许多.dcm文件。我需要通过网络发送这些文件，由于文件太大，这个过程有点像这样。 我也是一名程序员，我想知道压缩这些文件的理想方法是什么？我所说的压缩将在本地计算机上进行，然后在目标计算机上解压缩（即压缩仅用于加速文件的网络传输）。有没有简单的方法来裁剪DICOM文件？（这些文件包含整个头部的图像，而我只对头部的一小部分感兴趣）

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谢谢

您可以在一端使用lzma压缩之类的简单方法来打包文件并发送过来。这是最简单的解决方案，因为您可以通过编程轻松地获取gzip之类的东西并打包/解包文件。这可能会有很大帮助，因为现代计算机更喜欢发送/接收一个大文件而不是许多小文件（一个1GB的文件传输速度比10000个100KB的文件快得多）

至于实际减小聚合大小，每个.dcm文件可能都是一个切片（如果您查看的是MRI或CT数据），您使用的查看器会将切片重建为3d图像。裁剪它们并非不可能，但解析DICOM格式有点棘手。我不知道有什么免费的程序可以帮助你解析DICOM文件，但我已经有一段时间没找了

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由于DICOM是一种容器格式，您要查找的图像数据通常以通用格式（如JPEG）存储，因此，如果您能够获取文件的相关部分以提取图像数据，您可以使用任何可用的图像处理工具将图像裁剪到您选择的任何尺寸。

在医学上下文中，有损压缩介于不鼓励和禁止之间。如果您坚持裁剪现有数据集，标准要求您至少生成新的image&series UID。该标准允许以jpeg2000的形式进行无损压缩，但这种情况非常罕见——如果我不得不打赌的话，我会说您的数据集是完全未压缩的

根据我的经验，将医学数据集压缩为一个可靠的归档文件要好得多，也就是说，将所有图像统一到一个流中。这很有意义，因为附近的图像之间通常有很多相似性，这是利用这种相似性的方法（一个统一的压缩字典）。这可以作为命令行选项用于rar和gzip压缩器。

解决方案：

gdcmconv --jpeg uncompressed.dcm compressed.dcm

或为了获得更好的压缩比：

gdcmconv --jpegls uncompressed.dcm compressed.dcm

见：

我还建议不要进行有损压缩，您需要是一个DICOM向导才能正确地进行压缩（请参阅DICOM标准中的派生机制）。我还建议不要裁剪图像（您需要重新生成UID，更新帧或参考…）

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HTH

我们有一个名为“DICOM Shrinkinator”的压缩路由器，它可以在将研究传输到PACS时实现这一点：

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您好，您的答案听起来很有趣，您能给我们举一个使用gzip的例子吗？“统一压缩字典”是什么意思？在7z中，命令行选项是-s:。查找您正在使用的任何工具的参考资料。字典是用较短的表示形式替换普通长字节字符串的工具：。在可靠的存档中，所有压缩文件中都会搜索“公共”字符串。

在医学背景下，有损压缩介于不鼓励和禁止之间。
：这有点强。医学中的许多图像类型可以而且应该进行有损压缩。这包括转诊文件、非诊断性成像，甚至后者都可以安全压缩。加拿大放射学协会甚至推荐这种方法。一般来说，我不会害怕tis，但是，我同意流压缩很好，但主要是因为它更容易实现。