Configuration 从同一工作目录运行具有不同配置的snakemake管道

snakemake管道能否使用来自同一工作目录的两个不同配置运行

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这里的配置文件将有一个“project name”参数，用于定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，我想知道在同一工作目录中使用不同的配置文件运行同一管道是否会导致一些冲突。如果是，此方案是否有可行的替代策略？

是的，您可以使用

$snakemake--configfile my\u config\u file

选择配置文件。您可以同时运行两个snakemake实例。Snakemake不会锁定目录本身。它有两种类型的锁，输入锁和输出锁。如果两个工作流创建的文件之间没有重叠，则它们可以同时运行。如果工作流将创建的文件中存在重叠，则应首先创建这些文件。输入文件中的重叠不是问题。工作流只有在完成/中断后才释放其锁。snakemake设置锁需要一点时间，因此同时启动两个实例有时会导致问题。

如果要创建的输出文件中存在冲突，snakemake会发出警告吗？或者，我们必须小心？Snakemakes跟踪锁（只是一个带有文件名的文件）。第一个实例将为工作流将生成的所有文件设置输出锁。如果工作流包含锁定的输出文件，则另一个实例将拒绝运行。我认为错误信息是“目录已锁定”。这很有帮助。谢谢