C++ SIMD：逐字符比较两个字符串并找到匹配的总数

我正在开发一个生物信息学工具。我对应用SIMD来提高速度感兴趣。给定两个长度相等的字符串，我想快速计算两个字符串具有相同字符的索引总数

例如，假设我们有S1=“AATTGGCCAAC”和S2=“AATTCTCCAAC”。然后，由于它们的长度为11，并且仅在位置5和6（S1中的“GG”和S2中的“CT”）处不同，因此输出应为9

以下是我到目前为止的情况：

#include <string>
#include <immintrin.h>
using namespace std;
#include <memory.h>
int main()
{
 register __m128i str_A, str_B, char_eq;


str_A = _mm_load_si128((__m128i*)("AATTGGCCAAC")); 
str_B = _mm_load_si128((__m128i*)("AATTCTCCAAC")); 

char_eq = _mm_cmpeq_epi8(str_A, str_B); 

}

，它输出255 255 0 255 255 255 255 255 255

现在我有了一个寄存器m128i对象，名为char_eq，它包含关于每个字符是否匹配的信息。如何将这个_m128i char_eq对象转换为对匹配字符数进行编码的整数？ 我能想到的唯一方法是手动将布尔值相加（即1+1+1+1+0+0+1+1+1+1+1+1+1+1+1），但这与使用SIMD的目的背道而驰，因为这将需要长度（str）的相加次数

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查找两个字符串中匹配字符总数的最快方法是什么？我希望能成功。提前谢谢你

请注意，

\u mm\u load\u si128

指针参数指向的数据。您可以计算

字符eq

中的设置位数，并将结果右移3（除以8）。相关问题：。它是一个典型的输入字符串，还是您计划让它在更大的字符串上运行？尺寸固定吗？如果没有，您在计算字符串之前知道字符串的大小吗？@DanielLangr_m128i最多需要16个字符，但我的字符串将小于16个字符（例如15个）。您共享的“快速计数…”中的代码适用于16个字符长的字符串，但对于较短的字符串，它不起作用，可能是因为_mm_cmpeq_epi8和其他函数操作在_m128i的位上，这些位没有被占用，因为输入字符串短于128位。如何处理此问题？@JWO因为字符串需要按16字节对齐，所以将其存储为16个字符长的字符串，并填充零/空字符（而不是

'0'

）。

uint8_t val[11];
    memcpy(val, &char_eq, sizeof(val));
    printf("Numerical: %i %i %i %i %i %i %i %i %i %i %i \n", 
           val[0], val[1], val[2], val[3], val[4], val[5], 
           val[6], val[7],val[8], val[9], val[10]);          
}