Database design 遗传变异关系数据库
我试图在我所在机构的数据库中表示遗传变异数据。我们发现了与之相关的遗传变异，包括参考等位基因、突变等位基因、染色体、位置、名称、可能的影响、基因、基因中的位置等 虽然它不是必要的，因为问题上下文有时是有用的，但我将使用django构建它，db后端将是PostgreSQL或MySQL（这里也欢迎关于选择的建议，尽管不是问题的主要焦点） 为了正确地表示这些信息，我开始设计一个关系数据库。然而，我在定义最有效的结构时遇到了问题。 我可以这样陈述： 变异属于多对一关系中的基因。i、 一个基因可以有许多变体，但一个变体通常不能跨越多个基因。（然而，有时这可能发生在大型CNV或两个基因重叠的情况下，因此可能是多对多关系？） 变异也在个体中发现。个体具有基因型，这只是该变异的各种等位基因组合的两个副本。我根本不确定最好的方法是什么，也许是变异和个体的联合主键，并将基因型记录为变异等位基因的数量（例如0,1,2） 因此，我的问题是（对不起所有的前言和bio talk），我们认为什么样的方式才是最好的，或者对这三件事有更好的设计： 变异——我想存储的主要信息，基因和个体——对于任何下游分析都是必不可少的Database design 遗传变异关系数据库,database-design,bioinformatics,django-database,Database Design,Bioinformatics,Django Database,我试图在我所在机构的数据库中表示遗传变异数据。我们发现了与之相关的遗传变异，包括参考等位基因、突变等位基因、染色体、位置、名称、可能的影响、基因、基因中的位置等 虽然它不是必要的，因为问题上下文有时是有用的，但我将使用django构建它，db后端将是PostgreSQL或MySQL（这里也欢迎关于选择的建议，尽管不是问题的主要焦点） 为了正确地表示这些信息，我开始设计一个关系数据库。然而，我在定义最有效的结构时遇到了问题。 我可以这样陈述： 变异属于多对一关系中的基因。i、 一个基因可以有许多变
任何建议都将不胜感激。再次为这个问题的短暂性感到抱歉。好吧，我对基因一无所知，也不会说生物术语。然而，我从你的问题和维基百科中收集了一些观点，并得出了这个结论。主要作为建模练习，使用FCO方法。所以这里有一些陈述，你应该能够标记每一个为真或假
- 基因是一些DNA片段的名称
- 基因在染色体上占据一个给定的位置
- 染色体是包含许多基因的单个卷曲DNA片段
- 等位基因是单个基因的多种替代形式之一
- 等位基因是一种基因
- 变体是一种DNA序列
- 变异跨越基因
- 变异跨越等位基因
- 基因型是两个等位基因副本
- 表型是人的可观察特征
- 基因型影响表型
- 一个表型可受许多基因型的影响
- 一个基因型可能影响许多表型
- 人有许多基因型
- 人具有许多观察到的表型
- 变体可以在人中发现
您是否意识到这不是一个微不足道的问题？几个问题：1）您是否有尚未注释的“样本”？2） 您是否有尚未分类为任何基因型的“人”？3） 你真的要储存DNA序列，还是只储存“抽象”基因型（比如：“有B型蝗虫”）我知道这是个难题。按顺序回答您的问题1）变体将在插入数据库之前进行注释，但在首次插入后，将发布可能包含新注释以及新变体、基因和个体的成批数据。2） 不是每个人都有一个基因型，即使所有的序列分析都完成了，而且3）DNA序列不需要存储。在biostar上发布的感谢信：@DavyKavanagh；我想向您介绍一种信息建模，通常称为
事实类型建模