Database 有负面结果的生物信息学数据库？

生物信息学数据库（如BioGRID）从各种出版物和实验中收集了许多不同物种中蛋白质和基因的相互作用结果，但这种排序依赖于测试偏差，因为并非所有的组合都经过测试，有些组合经过多次测试。他们不也应该收集所有负面结果吗？是否有这样一种资源可以系统地从高通量和低高通量实验中收集积极和消极的相互作用？

这些可能有助于：

到目前为止，我知道存在非打击剂或非结合药物样化合物的数据库

你应该查找“非相互作用蛋白质对数据库”

斯米洛夫斯基p，佩格尔p，王p，布劳纳B，邓格尔I，福波G，弗里斯曼G， Montrone C，Rattei T，Frishman D，Ruepp A.否定数据库：一个参考集 非相互作用的蛋白质对。核酸研究，2010年1月；38（数据库） 问题）：D540-4。Epub 2009年11月17日。PubMed PMID:19920129；PubMed Central PMCID： PMC2808923。可从以下网址获得：

1）发表在同行评议期刊上的高通量屏幕通常有此类数据。Cessarini发表了关于结构域/肽相互作用的负面结果。 2） 您可以联系mint/reactome等数据库。。。并且提到你想要负面的结果。根据授权，许多此类组织需要与您共享任何此类数据，即使这些数据不在其网站上。

---

3） 关于这个主题的一个很好的资源是这里

我们一直在开发一个开源的蛋白质相互作用元数据库和预测服务器（其中包括来自BioGRID的数据和其他来源），它可以按照您的要求处理负面和正面数据

MAYETdb执行以下操作：

将蛋白质相互作用分为“相互作用”或“不相互作用”

包括来自各种实验装置（Y2H、TAP-MS等）和物种（酵母、人类、线虫）的数据（包括文献挖掘和数据库数据，如BioGRID）

它还产生这些分类的假阳性和假阴性错误

随机森林机器学习系统通过学习各种各样的蛋白质特征来预测先前未经测试的相互作用，并以相当高的精度工作（约92%）

它尚未在服务器上运行，但如果您好奇地不耐烦，源代码是可用的，并且有大量注释：

---

如果您有任何疑问，请询问：）

有一个名为Biostar的生物信息学相关问题的堆栈交换。谷歌“stackexchange biostar”找到它。你可能会得到更好的答案。@nedblof，我不知道。也许这应该迁移到biostar。我不确定如何启动迁移。我不确定如何迁移，我也不认为我拥有该操作的许可。也许最好只是剪切粘贴你的问题。biostar上的人在回答我的生物信息学相关问题时帮了我很大的忙。请求迁移到另一个堆栈交换站点的方法是使用“标志”链接请求版主注意。这比在站点之间重复问题更可取（称为“交叉发布”，非常不受欢迎）。我已将此问题标记为版主注意。@Will:To。