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如何在Debian中安装tophat？

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如何在Debian中安装tophat？,debian,samtools,Debian,Samtools,我尝试过搜索和尝试一切。我的系统中安装了bowtie、samtools和libbam dev。运行/configure时，我遇到以下错误： checking for bamlib... configure: error: We could not detect the bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library (still not installed) please specify $BAM_ROOT

我尝试过搜索和尝试一切。我的系统中安装了bowtie、samtools和libbam dev。运行
/configure
时，我遇到以下错误：

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.
如何解决此错误并安装tophat？

SAMtools必须进行适当的打包，否则tophat将无法使用它们。因此：

  • 首先从源代码构建BAM。把它弄到手
  • 选择BAM安装文件夹（我将其称为下面的install）
  • 将所有C头文件复制到安装/include/bam
  • 将libbam.a复制到安装/lib
  • 将samtools二进制文件放在您的路径上
  • 对于TopHat，请尝试./configure--with bam=install
  • 如果由于某些奇怪的原因，此操作不起作用，请在运行之前尝试导出BAM_ROOT=安装。/configure