Debugging R脚本行号出错？_Debugging_R

Debugging R脚本行号出错？

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Debugging R脚本行号出错？,debugging,r,Debugging,R,如果我正在从命令行运行一个长的R脚本（R--slave script.R），如何让它在出现错误时给出行号如果可能的话，我不想在脚本中添加调试命令——我只想让R的行为与大多数其他脚本语言一样…这不会给出行号，但它会告诉您调用堆栈中发生故障的位置，这非常有帮助： traceback() [编辑：]从命令行运行脚本时，必须跳过一个或两个调用，请参阅如果没有常见的调试疑点，我不知道还有其他方法可以做到这一点：调试（）浏览器（）选项（error=recover）[后跟选项（error=NULL

如果我正在从命令行运行一个长的R脚本（R--slave script.R），如何让它在出现错误时给出行号

如果可能的话，我不想在脚本中添加调试命令——我只想让R的行为与大多数其他脚本语言一样…

这不会给出行号，但它会告诉您调用堆栈中发生故障的位置，这非常有帮助：

traceback()

[编辑：]从命令行运行脚本时，必须跳过一个或两个调用，请参阅

如果没有常见的调试疑点，我不知道还有其他方法可以做到这一点：

调试（）

浏览器（）

选项（error=recover）[后跟选项（error=NULL）将其还原]

[编辑：]抱歉…刚才看到您正在从命令行运行此操作。在这种情况下，我建议使用选项（错误）功能。下面是一个简单的例子：

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

您可以在错误条件下创建任意复杂的脚本，因此您应该决定调试所需的信息

否则，如果有您关心的特定区域（例如连接到数据库），则将它们包装在tryCatch（）函数中。

在R 2.10及更高版本中将提供对此的支持。邓肯·默多克（Duncan Murdoch）于2009年9月10日刚刚向r-devel发布了关于：

我刚刚向R-devel添加了几个函数来帮助调试

findLineNum（）

查找函数的哪一行对应于特定的源代码行<代码>setBreakpoint（）接受

findLineNum

的输出，并调用

trace（）

设置断点在那里

这些依赖于代码中包含源代码引用调试信息。这是

source（）

读取的代码的默认值，但不适用于包。要获取包代码中的源引用，请设置环境变量

R\u KEEP\u PKG\u SOURCE=yes

，或在R内设置

选项（keep.source.pkgs=TRUE）

，然后从源代码安装程序包代码。阅读

？findLineNum

，了解如何告诉它进行搜索的详细信息在包内，而不是将搜索限制在全局环境

比如说,

x <- " f <- function(a, b) {
             if (a > b)  {
                 a
             } else {
                 b
             }
         }"


eval(parse(text=x))  # Normally you'd use source() to read a file...

findLineNum("<text>#3")   # <text> is a dummy filename used by
parse(text=)

xdooptions（error=traceback）
提供了有关导致错误的行内容的更多信息。如果有错误，它会导致出现回溯，对于某些错误，它有行号，前缀为#
。但它是命中或未命中的，许多错误不会得到行号
 您可以通过设置
options(show.error.locations = TRUE)

我只是想知道为什么这个设置不是R中的默认设置？应该是这样，就像其他语言一样。指定用于处理非灾难性错误的全局R选项对我来说很有效，同时还提供了一个自定义的工作流，用于保留有关错误的信息并在失败后检查此信息。我目前运行的是R版本3.4.1。
下面，我介绍了为我工作的工作流，以及我用来在R中设置全局错误处理选项的一些代码
正如我所配置的，错误处理还会创建一个RData文件，其中包含出错时工作内存中的所有对象。可以使用load（）
将此转储读回R，然后使用debugger（errorDump）
以交互方式检查出错时存在的各种环境
我会注意到，我能够从堆栈中的任何自定义函数中获取traceback（）
输出中的行号，但前提是我在调用脚本中使用的任何自定义函数时使用了keep.source=TRUE
选项。如果没有此选项，如下设置全局错误处理选项会将traceback（）
的完整输出发送到名为error.log
的错误日志，但行号不可用
以下是我在工作流程中采取的一般步骤，以及在非交互式R失败后如何访问内存转储和错误日志
我将以下内容放在从命令行调用的主脚本的顶部。这将为R会话设置全局错误处理选项。我的主脚本名为myMainScript.R
。代码中的各行后面都有注释，说明它们所做的事情。基本上，使用此选项，当R遇到触发stop（）
的错误时，它将创建一个RData（*.rda）在目录~/myUsername/directoryForDump
中的所有活动环境中转储工作内存文件，并将名为error.log
的错误日志以及一些有用信息写入同一目录。您可以修改此代码段以添加其他错误处理（例如，向转储文件和错误日志文件名添加时间戳等）

确保在主脚本和任何后续函数调用中，无论何时源函数，都使用选项keep.source=TRUE
。也就是说，要生成函数的源代码，可以使用source（'~/path/to/myFunction.R'，keep.source=TRUE）
。这是traceback（）
输出包含行号所必需的。看起来您还可以使用选项（keep.source=TRUE）
全局设置此选项，但我还没有测试它是否有效。如果不需要行号，可以省略此选项
从终端（R外部），使用Rscript myMainScript.R
以批处理模式调用主脚本。这将启动一个新的非交互式R会话，并运行脚本myMainScript.R
。步骤1中给出的代码段位于myMainScript.R
的顶部，用于设置非交互式R会话的错误处理选项
在执行myMainScript.R时遇到错误。这可能在主脚本本身中，也可能嵌套了多个函数。当
setBreakpoint("<text>#3")

options(show.error.locations = TRUE)

options(error = quote({
  setwd('~/myUsername/directoryForDump'); # Set working directory where you want the dump to go, since dump.frames() doesn't seem to accept absolute file paths.
  dump.frames("errorDump", to.file=TRUE, include.GlobalEnv=TRUE); # First dump to file; this dump is not accessible by the R session.
  sink(file="error.log"); # Specify sink file to redirect all output.
  dump.frames(); # Dump again to be able to retrieve error message and write to error log; this dump is accessible by the R session since not dumped to file.
  cat(attr(last.dump,"error.message")); # Print error message to file, along with simplified stack trace.
  cat('\nTraceback:');
  cat('\n');
  traceback(2); # Print full traceback of function calls with all parameters. The 2 passed to traceback omits the outermost two function calls.
  sink();
  q()}))

Error in callNonExistFunc() : could not find function "callNonExistFunc"
Calls: test_multi_commodity_flow_cmd -> getExtendedConfigDF -> extendConfigDF

Traceback:
3: extendConfigDF(info_df, data_dir = user_dir, dlevel = dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#304
2: getExtendedConfigDF(config_file_path, out_dir, dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#352
1: test_multi_commodity_flow_cmd(config_file_path = config_file_path, 
spot_file_path = spot_file_path, forward_file_path = forward_file_path, 
data_dir = "../", user_dir = "Output", sim_type = "spot", 
sim_scheme = "shape", sim_gran = "hourly", sim_adjust = "raw", 
nsim = 5, start_date = "2017-07-01", end_date = "2017-12-31", 
compute_averages = opt$compute_averages, compute_shapes = opt$compute_shapes, 
overwrite = opt$overwrite, nmonths = opt$nmonths, forward_regime = opt$fregime, 
ltfv_ratio = opt$ltfv_ratio, method = opt$method, dlevel = 0)