蛇毒+；Docker卷-“Docker卷”；“缺少规则例外情况”；

我正在尝试将snakemake与docker映像一起使用，但docker卷有问题。不幸的是，关于如何使用“singularity args”来实现这一点，目前还没有详细的说明

我的蛇形档案是：

rule all:
    input:
        'a/file3.txt'

rule step1:
    output:
        touch('a/file1.txt')

rule step2:
    input:
        rules.step1.output[0]
    output:
        'a/file2.txt'
    params:
        text = 'this is a test',
        path = '/data/file2.txt'
    singularity:
        "docker://XXX/test"
    shell:
        "python test.py {params.text} {params.path}"

rule step3:
    input:
        rules.step2.output[0]
    output:
        touch('a/file3.txt')

docker映像基本上是一个python文件，它将字符串写入文件（用于测试目的）。我正在尝试将我的主目录装载到docker/data目录。使用docker，我可以使用'-v'装入卷

用蛇毒做这件事的正确方法是什么

我尝试了以下命令（在MacOS和Ubuntu18.04上），但都失败了

snakemake -s pipeline.py --use-singularity --singularity-args “-B /home/XXX/snakemake/a:/data”
snakemake -s pipeline.py --use-singularity --singularity-args “-B /home/XXX/snakemake/a”

错误消息是：

No rule to produce /home/XXX/snakemake/a:/data” (if you use input functions make sure that they don't raise unexpected exceptions).

我漏了一步吗

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提前谢谢

我可以通过以下命令在Ubuntu 18.04上运行它：

SINGULARITY_BINDPATH=“/home/XXX/snakemake/a:/data”; snakemake -s pipeline.py --latency-wait 10 --use-singularity

不幸的是，我没能让标志--“奇点args”起作用。无论使用'--bind'还是'-B'，我都会得到错误“没有生成/Users/XXX/Devel/snakemake/a:/data的规则”

我在Python3虚拟环境中使用Snakemake 5.6.0。 另外，顺便说一句，我不相信MacOS奇点二进制是有效的。它和蛇怪有问题

现在这项工作已经足够好了

更新

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虽然这个解决方案有效，但真正的解决方案（打字错误）是由@dariober提供的。

只是一个简单的检查。。。在命令行中，您有倾斜的双引号（

“

），而不是直引号（

”

），例如：

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可能您是从使用倾斜引号的文本编辑器复制和粘贴的？我会使用直引号，因为其他类型可能会以错误的方式进行解释。

就是这样！我总是使用文本编辑进行注释，它一定已经替换了引号。太棒了！

snakemake -s pipeline.py --use-singularity --singularity-args “-B /home/XXX/snakemake/a”