File 如何不使用Snakemake重新规则更新的文件

即使输出文件已经在这里，Snakemake也只想重新执行我的所有管道，因为我修改了第一个输出文件之一

我通过运行带有“np--reason”的Snakemake来了解： 原因：由另一个作业更新的输入文件：Mapping/col.sorted.bam

如何强制Snakemake不重新运行此更新文件

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Thank's

您可以使用选项

--touch

将其标记为最新：

--触摸，-t
触摸输出文件（将其标记为最新，无需 真正改变他们）而不是运行他们的 命令。这是用来假装规则是正确的 执行，以愚弄未来的调用 毒蛇。如果文件尚不存在，则失败

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请注意，这将触及您的所有文件，从而修改时间戳以使其恢复顺序。

除了Eric的回答外，还请参见忽略输入文件上时间戳的标志

还要注意，Unix命令

touch

可用于修改现有文件的时间戳，并使其看起来比实际文件旧：

touch --date='2004-12-31 12:00:00' foo.txt 
ls -l foo.txt 
-rw-rw-r-- 1 db291g db291g 0 Dec 31  2004 foo.txt 

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是的，事实上，如果OP只有一个文件导致了问题，我建议使用@dariober的unix touch解决方案，指定一个比工作流的下一个输出更早的日期。