Gcc matlab mex文件的共享库位置：

我正在尝试编写一个使用libhdf5的matlab mex函数；我的Linux安装提供了libhdf5-1.8共享库和头文件。但是，我的Matlab版本r2007b提供了1.6版本中的libhdf5.so。（显然，Matlab

.mat

文件引导hdf5）。当我编译mex时，它在Matlab中运行。如果我将libhdf5的版本降级到1.6（不是一个长期选项），代码编译和运行良好

问题：我如何解决这个问题？我如何告诉mex编译过程链接到/usr/lib64/libhdf5.so.6而不是/opt/matlab/bin/glnxa64/libhdf5.so.0？当我在编译中尝试使用

-Wl，-rpath链接，/usr/lib64

执行此操作时，会出现如下错误：

/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libhdf5.so.0, needed by /opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmat.so, may conflict with libhdf5.so.6
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of 'hdf5_read_strings.mexa64' failed.

make: *** [hdf5_read_strings.mexa64] Error 1

阿克。最后一种方法是下载hdf5-1.6.5头文件的本地副本并使用它，但这不是未来的证明（我将来会升级Matlab版本）。有什么想法吗

编辑：根据Ramashalanka的优秀建议，我

A） 调用

mex-v

获取3个

gcc

命令；最后是linker命令

B） 使用

-v

调用该链接器命令，以获取

collect

命令

C） 调用了

collect2-v-t

和其他标志

我的输出的相关部分：

/usr/bin/ld: mode elf_x86_64
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crti.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtbeginS.o
hdf5_read_strings.o
mexversion.o
-lmx (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmx.so)
-lmex (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmex.so)
-lhdf5 (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libhdf5.so)
/lib64/libz.so
-lm (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libm.so)
-lstdc++ (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libstdc++.so)
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/lib64/libpthread.so.0
/lib64/libc.so.6
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtendS.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crtn.o

因此，实际上正在引用

/usr/lib64

中的

libhdf5.So

。然而，我相信这是被环境变量

LD_LIBRARY_PATH

覆盖的，我的Matlab版本在运行时自动设置了该变量，以便它可以找到自己的版本，例如

libmex.so

，等等

---

我认为，

crt_file.c

示例要么在b/c中起作用，它没有使用我正在使用的函数（

H5DOpen

，它在从1.6移动到1.8的过程中有一个签名更改（是的，我使用的是

-DH5_use_16_API

），要么在b/c中，它没有击中需要hdf5的Matlab内部部分。确认。

以下各项在我的系统上起作用：

安装hdf5版本1.8.4（您已经这样做了：我安装了源代码并进行了编译，以确保它与我的系统兼容，我获得了gcc版本，并且获得了静态库-例如，为我的系统提供的二进制文件是特定于icc的

创建一个目标文件。您已经有了自己的文件。我使用了来自的简单的

h5\u crtfile.c

（首先从这个简单文件开始查找警告是个好主意）。我用常用的参数将

main

更改为

mexFunction

，包括

mex.h

明确指定要加载的静态1.8.4库（完整路径，必要时不包含-L），并且在

LDFLAGS

中不包含

-lhdf5

。包括一个

-t

选项，以便确保没有加载动态hdf5库。您还需要安装

-lz

，并安装

zlib

。对于达尔文，我们还需要

LDFLAGS

中的

-bundle

：

mex CFLAGS='-I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -bundle' h5_crtfile.c -v

对于linux，您需要一个等效的位置独立调用，例如，

fPIC

和可能的

-shared

，但我没有一个具有matlab许可证的linux系统，因此我无法检查：

mex CFLAGS='-fPIC -I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -shared' h5_crtfile.c -v

运行

h5\u crtfile

mex文件。这在我的机器上运行没有问题。它只是执行H5Fcreate和H5Fclose操作，在当前目录中创建“file.h5”，当我调用

file file.h5

时，我得到

file.h5:层次数据格式（版本5）数据

请注意，如果我在步骤3中包含一个

-lhdf5

，那么当我尝试运行可执行文件时，matlab会中止（因为它随后使用matlab的动态库，对我来说是1.6.5版），因此这肯定解决了我系统上的问题

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谢谢你的提问。我上面的解决方案肯定比我以前做的要容易得多。希望以上内容对您有用。

我接受Ramashalanka的答案，因为它让我找到了确切的解决方案，我将在这里发布，仅供完整参考：

从hdf5网站下载hdf5-1.6.5库，并将头文件安装在本地目录中

告诉mex在此本地目录中查找“hdf5.h”，而不是在标准位置（例如

/usr/include

）

告诉mex编译我的代码和matlab提供的共享对象库，不要使用

LDFLAGS

中的

-ldfh5

标志

我使用的命令基本上是：

/opt/matlab/matlab_default/bin/mex -v CC#gcc CXX#g++ CFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include" CXXFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include " -O -lmwblas -largeArrayDims -L/usr/lib64 hdf5_read_strings.c /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0

mex将其转换为以下命令：

gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG hdf5_read_strings.c
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG /opt/matlab/matlab75/extern/src/mexversion.c
gcc -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/opt/matlab/matlab75/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -o hdf5_read_strings.mexa64  hdf5_read_strings.o mexversion.o  -lmwblas -L/usr/lib64 /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 -Wl,-rpath-link,/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -L/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

这个解决方案应该适用于我所有的目标机器，至少在我升级到MatlabR2009a之前，我相信它使用的是hdf5-1.8。感谢所有的帮助，很抱歉我对这个问题太过关注了——我想我过于专注于使用hdf5的打包版本，而不是一组本地头文件

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注意，如果Mathworks提供了一组带有Matlab发行版的头文件，那么这一切都是微不足道的…

hmmm。当我尝试这样做时，编译失败了b/c

libmat。因此

依赖于

libhdf5.so

。有点奇怪。不幸的是，我不能在不引入Mathworks的hdf5的情况下包含

mex.h

；遗憾的是，Mathworks分发的头文件不包含

hdf5.h

。好的，我已经重写了这篇文章，看看它是怎么写的。我在shell中使用mex发出的gcc命令进行编译。所以我尝试了你的解决方案，跳过了第2步和第3步；（

-bundle

是达尔文特有的，顺便说一句）使用

h5\u crtfile.c

，我得到“警告！此应用程序包含的HDF5头文件与此应用程序链接到的HDF5库使用的版本不匹配。如果应用程序继续运行，可能会发生数据损坏或分段错误。”HDF5\u禁用\u版本\u检查'环境变量集，应用程序将继续。页眉是1.8.4，库是1.6.5英寸，但是创建了

file.h5

！但是