Grep 格雷普：一种模式有效，但另一种不行

我有一个teb分隔的文件，其中一列中有基因名称，另一列中有这些基因的表达式值。我想用grep删除这个文件中的某些基因。那么这个,

"42261" "SNHG7" "20.2678"
"42262" "SNHG8" "25.3981"
"42263" "SNHG9" "0.488534"
"42264" "SNIP1" "7.35454"
"42265" "SNN"   "2.05365"
"42266" "snoMBII-202"   "0"
"42267" "snoMBII-202"   "0"
"42268" "snoMe28S-Am2634"   "0"
"42269" "snoMe28S-Am2634"   "0"
"42270" "snoR26"    "0"
"42271" "SNORA1"    "0"
"42272" "SNORA1"    "0"

变成这样：

"42261" "SNHG7" "20.2678"
"42262" "SNHG8" "25.3981"
"42263" "SNHG9" "0.488534"
"42264" "SNIP1" "7.35454"
"42265" "SNN"   "2.05365"

我使用了以下命令，这些命令与我有限的终端知识结合在一起：

grep -iv sno* <input.text> | grep -iv rp* | grep -iv U6* | grep -iv 7SK* > <output.txt>

grep-iv sno*| grep-iv rp*| grep-iv U6*| grep-iv 7SK*>

因此，通过这个命令，我的输出文件缺少以sno、u6和7sk开头的基因，但不知何故，grep删除了所有以“r”开头的基因，而不是以“rp”开头的基因。我对此很困惑。知道为什么sno*有效，rp*无效吗

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谢谢

尽管这并不能直接回答您的问题，但在示例命令行中有一件事您可能需要小心：无论何时使用特殊的shell元字符（如“

*

”），都需要转义或引用它。因此，您的命令行应该更像：

grep -iv 'sno*' <input.text> | grep -iv 'rp*' | grep -iv 'U6*' | grep -iv '7SK*' > <output.txt>

grep-iv“sno*”| grep-iv“rp*”| grep-iv“U6*”| grep-iv“7SK*”>

通常，shell是智能的，如果没有与glob匹配的文件，它们将按原样使用文本（因此，如果输入“foo*”，但没有以“foo”开头的文件名，则字符串“foo*”将传递给命令）

测试：

kent$  cat b
"42261" "SNHG7" "20.2678"
"42262" "SNHG8" "25.3981"
"42263" "SNHG9" "0.488534"
"42264" "SNIP1" "7.35454"
"42265" "SNN"   "2.05365"
"42266" "snoMBII-202"   "0"
"42267" "snoMBII-202"   "0"
"42268" "snoMe28S-Am2634"   "0"
"42269" "snoMe28S-Am2634"   "0"
"42270" "snoR26"    "0"
"42271" "SNORA1"    "0"
"42272" "SNORA1"    "0"

kent$  grep -iEv "sno|rp|U6|7SK" b
"42261" "SNHG7" "20.2678"
"42262" "SNHG8" "25.3981"
"42263" "SNHG9" "0.488534"
"42264" "SNIP1" "7.35454"
"42265" "SNN"   "2.05365"

---

grep

命令使用正则表达式，而不是全局模式

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模式

rp*

表示“r”后跟零个或多个“p”。你真正想要的是

rp.

，或者更好的是，

“rp.

（或者仅仅是

“rp

，在“rp”之后尝试任何东西都没有意义）。同样地，

sno*

表示“'sn'后跟零个或多个'o'”。同样，你会想要

sno.*

或

“sno.*

（甚至只是

“sno

）。

谢谢Adam，我一定会记住这一点，但是即使我使用引号，我也会松开以r开头的基因（或任何其他有r的基因），你能在这里粘贴一些输入示例和预期的输出吗？完成！你应该考虑一下。这是真的吗，你只需要第三列==0的行？哦，不，这只是巧合，以sno开头的行在第三列上的值是0。我想根据第二栏过滤谢谢KAK，似乎是罪魁祸首。我需要更多地了解正则表达式。

kent$  cat b
"42261" "SNHG7" "20.2678"
"42262" "SNHG8" "25.3981"
"42263" "SNHG9" "0.488534"
"42264" "SNIP1" "7.35454"
"42265" "SNN"   "2.05365"
"42266" "snoMBII-202"   "0"
"42267" "snoMBII-202"   "0"
"42268" "snoMe28S-Am2634"   "0"
"42269" "snoMe28S-Am2634"   "0"
"42270" "snoR26"    "0"
"42271" "SNORA1"    "0"
"42272" "SNORA1"    "0"

kent$  grep -iEv "sno|rp|U6|7SK" b
"42261" "SNHG7" "20.2678"
"42262" "SNHG8" "25.3981"
"42263" "SNHG9" "0.488534"
"42264" "SNIP1" "7.35454"
"42265" "SNN"   "2.05365"