用jupyter和R显示html报告
ShortRead bioconductor库的qa()函数从fastq文件生成质量统计信息。然后,report()函数以html格式准备各种度量的报告。本网站上的其他一些问题建议使用IRdisplay的display_html()函数,使用R(irkernel)在jupyter笔记本中显示html。但是,当我试图显示由ShortRead的report()函数生成的html报告时,它只会抛出错误用jupyter和R显示html报告,html,r,jupyter,Html,R,Jupyter,ShortRead bioconductor库的qa()函数从fastq文件生成质量统计信息。然后,report()函数以html格式准备各种度量的报告。本网站上的其他一些问题建议使用IRdisplay的display_html()函数,使用R(irkernel)在jupyter笔记本中显示html。但是,当我试图显示由ShortRead的report()函数生成的html报告时,它只会抛出错误 library("ShortRead") sample_dir <- system.file(
library("ShortRead")
sample_dir <- system.file(package="ShortRead", "extdata", "E-MTAB-1147") # A sample fastq file
qa_object <- qa(sample_dir, "*fastq.gz$")
qa_report <- report(qa_object, dest="test") # Makes a "test" directory containing 'image/', 'index.html' and 'QA.css'
library("IRdisplay")
display_html(file = "test/index.html")
有没有其他方法可以用R在jupyter中显示此报告?代码中似乎有错误。快速修复方法是克隆github repo,并对./IRdisplay/R/utils.R进行以下编辑,然后在第38行将行从:
读取(文件、大小)
到
读取(大小)
保存文件,切换到父目录,并创建一个新tarbal,例如
tar-zcf IRdisplay.tgz IRdisplay/
然后重新安装新版本,例如,重新启动R后,键入:
install.packages(“IRdisplay.tgz”,repo=NULL)
Error in read(file, size): unused argument (size)
Traceback:
1. display_html(file = "test/index.html")
2. display_raw("text/html", FALSE, data, file, isolate_full_html(list(`text/html` = data)))
3. prepare_content(isbinary, data, file)
4. read_all(file, isbinary)