Image 在MATLAB中读取原始MAPIR图像

我有一个来自MAPIR NDVI相机的原始图像，希望将其加载到MATLAB中，并将所需的两个波段（NIR、红色边缘）导出为tif

根据制造商的说法，NIR数据以16位的形式存储在蓝色通道中，而可见光（红色边缘）存储在红色通道中

我试着从中读取带有代码的文件 “但是它创造了这些，我不知道为什么会发生这种情况。要么我读错了文件，要么是因为NIR通道的分辨率较低

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是指向所用原始图像的链接

看起来“碎片”的原因是。
像素排列类似于拜耳马赛克，如下所示：

目前还不清楚CFA的定位是什么

您发布了：

根据制造商的说法，近红外数据存储在蓝色通道中，可见光（红边）存储在红色通道中

但拜耳校准有4种可能的组合。
在Matlab中，组合被称为

'gbrg'

，

'grbg'

，

'bggr'

和

'rggb'

我不知道最常见的对齐方式是什么。
我不能说哪个频道应该是“蓝色频道”，哪个是“红色频道”。（我们所知道的是它们是对角放置的）。
我也无法在Google中找到对齐信息

因为我无法分辨哪个是哪个，所以我提取了所有4个可能的通道：

srcN = 4608; %Raw image width (number of columns).
srcM = 3456; %Raw image height (number of rows).

%Open raw image for reading.
f = fopen('2017_0321_134045_015.RAW', 'r');

%Read raw data into matrix I (use '*uint16' for keeping data in uint16 - no conversion to double).
I = fread(f, [srcN, srcM], '*uint16');

fclose(f);

%Transpose I, because RAW image format is row-major, and Matlab matrix format is column-major.
I = I';


%Assume Bayer mosaic sensor alignment.
%Seperate to mosaic components.
J1 = I(1:2:end, 1:2:end);
J2 = I(1:2:end, 2:2:end);
J3 = I(2:2:end, 1:2:end);
J4 = I(2:2:end, 2:2:end);

figure;imshow(J1);title('J1');
figure;imshow(J2);title('J2');
figure;imshow(J3);title('J3');
figure;imshow(J4);title('J4');

%Save all 4 images as tif
imwrite(J1, 'J1.tif');
imwrite(J2, 'J2.tif');
imwrite(J3, 'J3.tif');
imwrite(J4, 'J4.tif');

以下是四幅图像（缩小了x4倍）：

J1:

J2:

J3:

J4:

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更新：

情绪化的卷心菜发布了以下参考图片：

我试图将原始图像放到引用中，但无法正确获取

我认为CFA的定位是：

J1

-红色通道。

J2

和

J3

-单色而非绿色通道。

J4

-近红外彩色通道

插图：

我使用了以下处理代码：

J = demosaic(I, 'rggb');
J = imadjust(J, [0.02, 0.98], [], 0.45); %Adjust image intensity, and use gamma value of 0.45
J(:,:,2) = J(:,:,2)*0.75; %Reduce the green by factor of 0.75
figure;imshow(J);

结果：

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为了得到正确的结果，仍然缺少一些信息…

虽然您已经接受了另一个答案，但我想在这里保存我的努力成果，以防其他人有类似的问题。根据原始问题，此代码在Mac或Linux上运行

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
// raw2tif.c
// Mark Setchell
//
// Reads a RAW file from a MAPIR NDVI camera and converts it to a TIF
//
// Usage:
// raw2tif RAWfile result.tif
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <inttypes.h>
#include <string.h>
#include "tiffio.h"

#define WIDTH   4608
#define HEIGHT  3456
#define RAW_BITSPERSAMPLE   8
#define RAW_SAMPLESPERPIXEL 2
#define TIF_BITSPERSAMPLE   8
#define TIF_SAMPLESPERPIXEL 3

int main(int argc,char* argv[])
{
   char ifilename[128];
   char ofilename[128];
   unsigned char inrow[WIDTH*RAW_BITSPERSAMPLE*RAW_SAMPLESPERPIXEL/8];
   FILE* in;

   // Check input and output file names supplied
   if(argc!=3){
      fprintf(stderr,"Usage: raw2tif RAWfile TIFfile");
      exit(EXIT_FAILURE);
   }

   // Pick up arguments - infile (RAW) and outfile (TIF)
   strcpy(ifilename,argv[1]);
   strcpy(ofilename,argv[2]);

   // Open input file
   in=fopen(ifilename,"rb");
   if(in==NULL){
      fprintf(stderr,"ERROR: Unable to open RAW input file");
      exit(EXIT_FAILURE);
   }

   // Open output file
   TIFF *tif= TIFFOpen(ofilename, "w");
   if(tif==NULL){
      fprintf(stderr,"ERROR: Unable to open output file");
      exit(EXIT_FAILURE);
   }

   // Set baseline tags
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_IMAGEWIDTH,WIDTH);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_IMAGELENGTH,HEIGHT);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_BITSPERSAMPLE,TIF_BITSPERSAMPLE);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_SAMPLESPERPIXEL,TIF_SAMPLESPERPIXEL);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_ORIENTATION,ORIENTATION_TOPLEFT);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_COMPRESSION,COMPRESSION_LZW);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_PLANARCONFIG,PLANARCONFIG_CONTIG);
   TIFFSetField(tif,TIFFTAG_PHOTOMETRIC,PHOTOMETRIC_MINISBLACK);

   uint32  rowsPerStrip;
   rowsPerStrip = HEIGHT;
   rowsPerStrip = TIFFDefaultStripSize(tif, rowsPerStrip);
   TIFFSetField(tif, TIFFTAG_ROWSPERSTRIP, rowsPerStrip);
   TIFFSetupStrips(tif);

   // Line buffer
   int scanlineSize = TIFFScanlineSize(tif);
   unsigned char* scanline = (unsigned char*) _TIFFmalloc(scanlineSize);

   // Iterate over rows of RAW file writing rows of TIF file
   for(int row=0;row<HEIGHT;row++)
   {
      if(fread(inrow,WIDTH*RAW_BITSPERSAMPLE*RAW_SAMPLESPERPIXEL/8,1,in)!=1){
         fprintf(stderr,"ERROR: Error reading input file at row %d\n",row);
         exit(EXIT_FAILURE);
      }
      // Following few lines need correcting when input file format is known
      unsigned char* ip=inrow;
      unsigned char* op=scanline;
      for(int col=0;col<WIDTH;col++){
         *op++=*ip++;  // Write RAW red to TIF red
         *op++=0;      // Set TIF green to 0
         *op++=*ip++;  // Write RAW NIR to TIF blue
      }
      if(TIFFWriteScanline(tif,scanline,row,0) != 1){
         fprintf(stderr,"ERROR: Error writing output file at row %d\n",row);
         exit(EXIT_FAILURE);
      }
   }

   // Clean up
   _TIFFfree(scanline);
   TIFFClose(tif);
}

---

RAW意味着没有格式，所以RAW。原始格式不是一种格式，但缺少一种，世界上的每个设备都可能有不同的原始写入方式。当你说RAW时，它的意思是“无论设备测量了什么，一点一点”。因此，只有您（或制造商）知道如何准确读取原始数据。只需按照说明进行操作制造商的说明是：“使用QGIS插件”，不幸的是，这在OSX上不起作用。那么，要么找出运行QGID插件（可能是虚拟机）的方法，要么让制造商告诉您文件是如何编写的。没有其他选项，无法猜测原始文件包含的内容您知道图像的尺寸吗？W x H像素？好的，那我就可以了-我想我的代码看起来有点乱，我有点忙，但我以后应该有一个解决方案给你。谢谢你的帮助！但遗憾的是，这似乎并不完全正确。图像应该看起来像。无论我尝试哪种组合，都不能得到相同的结果。显然，这些图像存储为16位字中12位的块。所以前12位是一个像素，剩下的4位和后面的8位是下一个像素。@u coball先生，这是不正确的。4032px x x 3024px生成15925248个像素，而您的文件正好是字节数的两倍，因此每个像素有2个字节，即1个字节表示红色，1个字节表示NIR，而不是12位红色和12位NIR。所有16位都由原始格式使用，但像素的分块方式使每个像素的一些数据重叠到下一个字中。因此，第一个字的前12位将是一个像素，然后该字的下4位将是下一个像素，然后下一个字的前8位将是第二个像素的其余部分，依此类推。这是支持人员告诉我们的。@这不正确。如果是这样，您需要3个字节（24位）来存储2个像素（每个像素12位），因此您的文件需要是4608*3456*3或47775744字节，但它只有3185046字节。@此外，您说“正确”的图像有三个通道，所有通道都是唯一的，而原始图像有两个通道，那么第三个通道来自哪里？它不是任何其他通道的副本，因为3个通道都有不同的平均值和标准偏差。

CC=clang -Wall -pedantic
TIF_INC=-I/usr/include -I/usr/local/include
TIF_LIB=-L/usr/lib -L/usr/local/lib -ltiff

raw2tif: raw2tif.c
    $(CC) raw2tif.c $(TIF_INC) $(TIF_LIB) -o raw2tif