MafftCommandline和io.StringIO

我一直在尝试使用Bio.Align.Applications中的Mafft对齐工具。目前，我已经成功地将序列信息写入临时文本文件，然后由MafftCommandline（）读取。但是，我希望尽可能避免重复步骤，因此我一直在尝试使用io.StringIO（）来写入内存文件。这就是我遇到问题的地方。我无法让MafftCommandline（）读取io.StringIO（）生成的内部文件。我已经确认内部文件与AlignIO.read（）等函数兼容。以下是我的测试代码：

from Bio.Align.Applications import MafftCommandline
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
import io
from Bio import AlignIO


sequences1 = ["AGGGGC",
             "AGGGC",
             "AGGGGGC",
             "AGGAGC",
             "AGGGGG"]

longest_length = max(len(s) for s in sequences1)
padded_sequences = [s.ljust(longest_length, '-') for s in sequences1] #padded sequences used to test compatibilty with AlignIO

ioSeq = ''
for items in padded_sequences:
    ioSeq += '>unknown\n'
    ioSeq += items + '\n'

newC = io.StringIO(ioSeq)
cLoc = str(newC).strip()
cLocEdit = cLoc[:len(cLoc)] #create string to remove < and >

test1Handle = AlignIO.read(newC, "fasta")
#test1HandleString = AlignIO.read(cLocEdit, "fasta") #fails to interpret cLocEdit string

records = (SeqRecord(Seq(s)) for s in padded_sequences)

SeqIO.write(records, "msa_example.fasta", "fasta")

test1Handle1 = AlignIO.read("msa_example.fasta", "fasta") #alignIO same for both #demonstrates working AlignIO

in_file = '.../msa_example.fasta'
mafft_exe = '/usr/local/bin/mafft'

mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file) #have to change file path
mafft_cline1 = MafftCommandline(mafft_exe, input=cLocEdit) #fails to read string (same as AlignIO)
mafft_cline2 = MafftCommandline(mafft_exe, input=newC)

stdout, stderr = mafft_cline()
print(stdout) #corresponds to MafftCommandline with input file
stdout1, stderr1 = mafft_cline1()
print(stdout1) #corresponds to MafftCommandline with internal file

从Bio.Align.Applications导入MafftCommandline
来自Bio import SeqIO
从生物序列导入序列
从Bio.SeqRecord导入SeqRecord
输入io
从Bio导入AlignIO
sequences1=[“agggc”，
“AGGGC”，
“aggggc”，
“AGAGC”，
“agggg”]
最长长度=最大值（序列1中s的长度）
填充的_序列=[s.ljust（sequences1中的s的最长_长度“-”）#用于测试与AlignIO的兼容性的填充序列
ioSeq=''
对于填充_序列中的项目：
ioSeq+='>未知\n'
ioSeq+=项目+'\n'
newC=io.StringIO（ioSeq）
cLoc=str（newC）.strip（）
cLocEdit=cLoc[：len（cLoc）]#创建要删除的字符串<和>
test1Handle=AlignIO.read（newC，“fasta”）
#test1HandleString=AlignIO.read（cLocEdit，“fasta”）#无法解释cLocEdit字符串
记录=（填充_序列中s的SeqRecord（Seq（s）））
SeqIO.write（记录，“msa_示例.fasta”，“fasta”）
test1Handle1=AlignIO.read（“msa_example.fasta”，“fasta”）#AlignIO两者相同#演示工作对齐
在_文件='…/msa_example.fasta'
mafft_exe='/usr/local/bin/mafft'
mafft_cline=MafftCommandline（mafft_exe，input=in_file）#必须更改文件路径
mafft_cline1=MafftCommandline（mafft_exe，input=cLocEdit）#无法读取字符串（与AlignIO相同）
mafft_cline2=MafftCommandline（mafft_exe，输入=newC）
stdout，stderr=mafft_cline（）
打印（标准输出）#对应于带有输入文件的MAFFTCOMANDLINE
stdout1，stderr1=mafft_cline1（）
打印（stdout1）#对应于带有内部文件的MafftCommandline

我收到以下错误消息：

ApplicationError:来自“/usr/local/bin/mafft”消息“/bin/sh”的非零返回代码2:-c:第0行：意外标记“newline”附近的语法错误 我相信这是由于文件路径中存在箭头（“”）

ApplicationError:来自“/usr/local/bin/mafft”\u io.StringIO对象位于0x10f439af8”的非零返回代码1，消息“/usr/local/bin/mafft:无法打开\u io.StringIO对象位于0x10f439af8” 试图通过将文件路径转换为字符串和索引来删除箭头，导致上述错误

最终我的目标是减少计算时间。我希望通过调用内部内存而不是写入单独的文本文件来实现这一点。非常感谢您对我的目标提出的任何建议或反馈。提前谢谢

我无法让MafftCommandline（）读取由生成的内部文件 io.StringIO（）

出于以下几个原因，这并不奇怪：

正如您所知，Biopython并没有实现Mafft，它只是 提供一个方便的界面，用于在中设置对

mafft

的调用

/usr/local/bin

。

mafft

可执行文件作为单独的进程运行 无法访问Python程序的内部内存， 包括您的StringIO文件

mafft程序只适用于输入文件，甚至不适用于 允许

stdin

作为数据源。（尽管它允许

stdout

作为 所以最终，文件系统中必须有一个文件 使

mafft

打开。因此需要您的临时文件

也许这是一个合理的妥协