Io 使用MPI-I/O读取Fortran未格式化文件中的真实实体_Io_Fortran_Mpi Io

Io 使用MPI-I/O读取Fortran未格式化文件中的真实实体

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Io 使用MPI-I/O读取Fortran未格式化文件中的真实实体,io,fortran,mpi-io,Io,Fortran,Mpi Io,我正在尝试通过MPI-I/O读取CFD网格文件。该文件是一个具有大端性的Fortran非格式化格式，它包含整数和实*8的混合变量（该文件以块大小整数开始，然后是该块的x、y、z坐标）。我可以设法读取第一个整数，但真正的实体是完全错误的或不是那么准确。所以我简化了代码以重现相同的错误。它以Fortran非格式化格式将一个实值写入文件，并尝试以串行和并行方式（通过MPI-I/O）将其读回：如果使用big-endian选项（我为“英特尔编译器”添加了“-convert big_-endian”选项）

我正在尝试通过MPI-I/O读取CFD网格文件。该文件是一个具有大端性的Fortran非格式化格式，它包含整数和实*8的混合变量（该文件以块大小整数开始，然后是该块的x、y、z坐标）。我可以设法读取第一个整数，但真正的实体是完全错误的或不是那么准确。所以我简化了代码以重现相同的错误。它以Fortran非格式化格式将一个实值写入文件，并尝试以串行和并行方式（通过MPI-I/O）将其读回：

如果使用big-endian选项（我为“英特尔编译器”添加了“-convert big_-endian”选项）编译，“英特尔MPI”的结果略有不同（这似乎是与字节相关的问题）：

如果我放弃big-endian模式（即，将MPI_FILE_OPEN的数据表示形式替换为“本机”+设置disp=4以跳过Fortran未格式化格式的第一个4字节记录标记+无额外编译标志），MPI-I/O读取的值将完全相同。但是，由于网格文件是以big-endian格式提供的，因此我必须继续使用“-convert big_-endian”选项

HDF-5的使用似乎也不容易，因为文件格式已被其他预处理和后处理代码共享

有没有人有过这样的经历或知道补救方法

最好的，

Jeff

虽然MPI中通信操作的默认错误处理程序是

MPI\u ERRORS\u FATAL

，因此如果发生任何类型的通信错误，程序将中止，但文件I/O操作的默认错误处理程序是

MPI\u ERRORS\u RETURN

，这意味着程序将继续执行并返回错误代码。如果在调用

MPI\u FILE\u SET\u VIEW

后检查

ierr

的值，您会注意到打开的MPI返回

MPI\u ERR\u UNSUPPORTED\u DATAREP

。原因是OpenMPI附带的ROM-IO版本没有实现

external32

数据表示

至于使用英特尔MPI时浮点数的值稍有错误：64位IEEE 754中的

0.142857149243355

为

0x3FC24924A0000000

。根据英特尔MPI，此数字的

external32

表示形式（可以使用

MPI\u PACK\u EXTERNAL

进行验证）为：

这根本不是big-endian存储中的IEEE 754数字。更确切地说，它是一个奇怪的大端和小端的混合体——值被分成两半，每个值都存储在大端，但下半部分和小端一样首先出现。这是Intel实现的

external32

中的一个错误，还是表示法的一个实际问题，我无法判断，因为后者在MPI标准中几乎没有描述

在big-endian计算机上编写的未格式化文件可能如下所示：

00 00 00 08 3F C2 49 24 A0 00 00 00 00 00 00 08
----------- ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ -----------
  reclen         record value          reclen

MPI文件读取顺序的前8个字节是

00 00 08 3F C2 49 24

。英特尔MPI将这些字节从

external32

转换回后，将获得

0x3FC2492400000008

，在64位IEEE 754表示中是

0.142857074737549

。

而MPI中通信操作的默认错误处理程序是

MPI\u ERRORS\u FATAL

，因此如果发生任何类型的通信错误，程序将中止，文件I/O操作的默认错误处理程序是

MPI\u ERRORS\u RETURN