以非交互方式运行IPython/Jupyter笔记本

是否有人知道是否可以从命令行以非交互方式运行IPython/Jupyter笔记本，并将生成的

.ipynb

文件与运行结果一起保存。如果这还不可能，那么使用phantomJS实现、打开和关闭内核以及打开和关闭web服务器会有多困难

更具体地说，假设我已经有一个笔记本

original.ipynb

，我想重新运行该笔记本中的所有单元格，并将结果保存在一个新笔记本

new.ipynb

，但只需在命令行上执行一个命令，而无需在浏览器中交互或关闭内核或web服务器，假设没有内核或web服务器正在运行

命令示例：

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$ipython notebook run original.ipynb--output=new.ipynb

您可以通过命令行运行ipython notebook服务器：

ipython notebook --pylab inline

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这将以非交互模式启动服务器，所有输出都打印在代码下方。然后，您可以保存包含代码和输出的.ipynb文件。

是的，这是可能的，而且很简单，它（大部分）将位于IPython core for 2.0中，我建议现在查看一下

[编辑]

$ jupyter nbconvert --to notebook --execute original.ipynb --output=new.ipynb

它现在在朱皮特-NbConvert。NbConvert附带了一系列默认禁用的

预处理器

，其中两个（

ClearOutputPreprocessor

和

ExecuteProcessor

）是值得关注的。您可以通过

c..enabled=True

（大写为python）在（本地|全局）配置文件中启用它们，或者在命令行上使用

--executeprocessor.enabled=True

将命令的其余部分照常保留

--executeProcessor.enabled=True

具有方便的

--execute

别名，可在最新版本的NbConvert上使用。如果需要，它可以与

--inplace

组合

例如，运行“无头笔记本”后转换为html：

$jupyter nbconvert--to=html--execute RunMe.ipynb

剥离输出后转换为PDF

$ipython nbconvert--to=pdf--ClearOutputPreprocessor.enabled=True RunMe.ipynb

当然，如果您设置了

--profile=

，它确实可以通过生成

内核来处理非python内核。只要需要重新运行笔记本，转换时间就可以很长。您可以使用

--to=notebook

选项进行笔记本到笔记本的转换

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根据用例，可能需要设置/取消设置其他各种选项（超时、允许错误等）。请参阅文档，当然还有jupyter nbconvert--help、

--help all

，或了解更多信息。

在该功能成为核心功能的一部分之前，我开发了一个小的命令行应用程序，可以满足您的需求。它名为runipy，您可以使用

pip install runipy

安装它。.p>介绍一些功能，如并行工作程序、输入参数、电子邮件发送或S3输入/输出。。。您可以安装jupyter runner

pip install jupyter-runner

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github上的自述文件：

运行并替换原始.ipunb文件：

jupyter nbconvert --ExecutePreprocessor.timeout=-1 --to notebook --inplace --execute original.ipynb

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还有一种方法是使用

造纸机

，它有

用法示例：（您需要为要存储的执行结果指定输出路径）

paperill your_notebook.ipynb logs/yourlog.out.ipynb

如果希望为每个参数指定

-p

标志，也可以指定所需的参数：

paperill your_notebook.ipynb logs/yourlog.out.ipynb-p env“prod”-p tests“e2e”

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还有一个与Paperill回复相关的问题-

感谢您的回复，但是我正在寻找一个更具体的解决方案，它不需要干预web浏览器，也不需要关闭内核和web服务器。我将问题编辑得更具体一些。在这种情况下，我不知道如何继续。你是否计划定期这样做？iPython笔记本设计用于在浏览器中交互使用，从命令行保存特定的ipynb文件对我来说很奇怪。是的，我计划经常这样做，如果它可用的话。在数据源经常更改的情况下，它将非常有用，我希望看到使用pandas时的诊断输出与它生成的代码交织在一起，这正是ipython笔记本做得很好的地方。但是，如果我一天要运行许多这类进程，最好是批处理运行，然后我可以稍后查看输出，就像生成了日志文件一样。标准日志记录的问题是很难看到代码和输出彼此交错，这对我来说似乎是一个非常有用的用例。你可以拿一个模板笔记本，对它进行一点参数化，然后得到一个可打印的完全执行的解决方案，所有这些都不用接触浏览器。谢谢你为我指明了正确的方向。由于没有发布确切的代码，我分叉了其中一个GIST并添加了输出代码，这样下面的代码就可以从命令行运行一个笔记本，就像所需的

$ipnbdoctest.py original.ipynb new.ipynb

不在IPython 2中，在IPython 3的路上现在看起来是这样（IPython 3.1.0）：

ipython nbconvert--to=html--execute RunMe.ipynb

@NoahR Try

--executeprocessor.timeout=-1

最新版本（4.1.0）确实允许以非交互方式运行笔记本电脑

jupyter nbconvert--to notebook--execute--allow errors notebook.ipynb

也许答案可以编辑。unipy对我来说似乎不太好：它不会更新

签名

字段，因此（我认为这是一个结果），我的SVG中没有一个是实际呈现的：IPython更喜欢显示纯文本呈现。