Java 使用SnpSift，只有0.52%的VCF被dbsnp数据库注释

我使用以下命令从cram生成了一个坐标排序的vcf文件：

samtools sort-@10-o/output/sorted.cram

samtools索引-@10/output/sorted.cram

bcftools mpileup-f reference.fa-r chrz:zzzzzzzzx-a INFO/AD，FORMAT/DP-threads 10-O v-O/output/mpileup.vcf/input/sorted.cram

我试图用snpsift注释坐标排序的vcf文件（参考基因组Hg38）。我正在使用以下命令：

java-jar SnpSift.jar annotate-v/dbsnp/file.vcf.gz/input/mpileup.vcf>/output/annotated.vcf

我已在此处下载了dbsnp vcf文件和选项卡索引：

然而，只有0.52%的vcf被注释。。。这似乎很奇怪。此外，当我尝试使用集成web界面（）来注释我的vcf时，我得到了错误“invalid input”。这让我相信我的vcf文件有问题？我只是试着注释一个基因，dbsnp只注释0.52%的基因是正常的吗？提前感谢您的帮助

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更新！如果使用bcftools mpileup | bcftools仅调用--variants，则ensembl工具可以工作。此外，这人为地增加了注释的SNPs的百分比

我没有在你的图像上看到任何错误。上面写着：

错误（错误引用）：0

@UsagiMiyamoto感谢您的回复！我认为“错误（错误引用）”是一条错误消息，但事实并非如此。我仍然担心只有0.52%的vcf被dbsnp注释。我已经澄清了上面的帖子。欢迎进一步评论！我没有在你的图像上看到任何错误。上面写着：

错误（错误引用）：0

@UsagiMiyamoto感谢您的回复！我认为“错误（错误引用）”是一条错误消息，但事实并非如此。我仍然担心只有0.52%的vcf被dbsnp注释。我已经澄清了上面的帖子。欢迎进一步评论！