Java 如何用读取txt文件填充ArrayList

我正在编写我的代码，但我试图用一个txt文件中的任何内容填充和排列列表，但似乎我的代码不工作，我不知道为什么，我被困在这里，这是mi代码

ArrayList<String> codonList = new ArrayList();
String currentCodonString;

int countProtein = 0;
ArrayList<ProteinSequence> proteinSequences = new ArrayList();

//Here we can add each nucleotide in group of three from the text, and add an array
public void addNucleotide(String nuceotide) {
    try {
        BufferedReader read = new BufferedReader(new FileReader("testSequenceOutput.txt"));
        String currentCodonString ="";
        while(read.readLine() != null); {
            codonList.add(currentCodonString);}
    }catch(Exception ex) {}
}
//Here we are going to analyze an array(sequence) and see how much protein
//we are going to found in this array
public int findAllProteinSequences() {
    if(codonList.contains("AUG")) {
        countProtein++;}
    else if(codonList.contains("GUG")) {
        countProtein++; }
    else if(codonList.contains("UGG")) {
        countProtein++;
    }
    else if(codonList.contains("UAA")) {
        countProtein++;
    }
    else if(codonList.contains("UAG")) {
        countProtein++;
    }
    else if(codonList.contains("UGA")) {
        countProtein++;
    }
    return countProtein;
    }

ArrayList codonList=new ArrayList（）；
字符串currentCodonString；
int countProtein=0；
ArrayList蛋白质序列=新的ArrayList（）；
//在这里，我们可以从文本中以三个为一组添加每个核苷酸，并添加一个数组
公共空间（字符串nuceotide）{
试一试{
BufferedReader read=新的BufferedReader（新文件读取器（“testSequenceOutput.txt”）；
字符串currentCodonString=“”；
while（read.readLine（）！=null）{
add（currentCodonString）；}
}捕获（例外情况除外）{}
}
//这里我们将分析一个数组（序列），看看有多少蛋白质
//我们将在这个数组中找到
public int findAllProteinSequences（）{
如果（密码列表包含（“AUG”））{
countProtein++；}
else if（codonList.contains（“GUG”））{
countProtein++；}
else if（密码列表包含（“UGG”））{
countProtein++；
}
else if（codonList.contains（“UAA”））{
countProtein++；
}
else if（密码列表包含（“UAG”））{
countProtein++；
}
else if（密码列表包含（“UGA”））{
countProtein++；
}
返回计数蛋白；
}

似乎我的代码不起作用，我也不知道为什么，我被困在这里了

}捕获（例外情况除外）{}

嗯，是的。当您捕获所有异常并完全忽略它们时，就会发生这种情况

拆下那条线

main

可以（也应该）声明为

throws Exception

，您的文件读取方法应该声明为

throws IOException

，然后任何不起作用的内容都将变为可见

---

请注意，您没有关闭缓冲读取器，这是在泄漏资源。您不能只调用.close（）（如果发生异常怎么办？），请在web上搜索“java自动资源管理”以了解如何操作。或者只需使用新的java.nio.file文件API，它可以通过一个方法调用将文件读入行列表。

您的代码有一些问题：

挤压异常 你不应该这样做：

catch (Exception ex) {}

它说“抓住每一个可能的例外，不要说或做任何事情”。在这种情况下，任何可能的异常都包括

new FileReader("testSequenceOutput.txt")

如果找不到文件，将抛出。但它也可能包括意外的事情，例如（假设的）

NullPointerException

，这可能是由于

codonList

为

null

这几乎同样糟糕：

catch (IOException ex) {}

它不会挤压所有异常，但仍会挤压打开或读取文件时可能引发的

FileNotFoundException

或其他IO异常。您可能应该告诉用户（或程序员）找不到该文件。。。或者别的什么

处理此问题的更好方法是将

addNucleotide

的签名更改为：

public void addNucleotide(String nuceotide) throws IOException {
    ...
    BufferedReader read = new BufferedReader(
              new FileReader("testSequenceOutput.txt"));
    // process file
}

然后，在调用堆栈的更上一层，您应该捕获

IOException

，并对此采取措施。根据上下文，您可以打印用户友好的错误消息或打印stacktrace。然后您可以退出应用程序或尝试执行一些恢复操作；e、 g.要求用户输入不同的文件名

如果您真的不想处理异常，可以将

main

声明为

throws exception

或

throws IOException

，但如果文件丢失，这将导致程序用户看到堆栈跟踪。。。或者不在你期望的地方。这很难看，在现实世界中，你会因此收到bug报告

因此，有人说你应该声明

main

，因为

抛出异常

（IMO）显然是个坏建议：

• 如果你把它交给作业中的评估，你应该会因此失去分数
• 如果您的同事对您的代码进行了检查，您应该期望在签入时获得-1票
• 如果你发布了你的代码，你应该期望得到负面的评论

假分号 这就是您的代码所说的：

    String currentCodonString = "";
    while (read.readLine() != null); {
        codonList.add(currentCodonString);
    }

注意

在第二行

那是一句空话。意思是循环的主体是。。。没有什么。因此，该代码的真正含义是：

   String currentCodonString = "";
   while (read.readLine() != null) {
        // do nothing
   }
   codonList.add(currentCodonString);

简言之，您正在读取文件并丢弃其内容，然后将单个空字符串添加到
codonList

丢弃已读的行
让我们修复假分号：

   String currentCodonString = "";
   while (read.readLine() != null) {
       codonList.add(currentCodonString);
   }

对吗？不

（read.readLine（）！=null）
正在读取一行并测试它是否为
null
。但是它和它刚才的线路有什么关系呢？它把它扔掉了！您将得到包含大量空字符串的
codonList

因此，您可能需要做的是：

   String currentCodonString = read.readLine();
   while (currentCodonString != null) {
       codonList.add(currentCodonString);
       currentCodonString = read.readLine();
   }

这可以改写为：

   String currentCodonString;
   while ((currentCodonString = read.readLine()) != null) {
       codonList.add(currentCodonString);
   }

这是一个常见的成语。。。但是由于
while
条件中存在赋值表达式，因此这里发生的事情并不完全明显。（除非你理解，否则不要这样做！）

资源泄漏
最后一个问题是编码（可能）泄漏资源描述符。当
添加核苷酸（…）
返回时。。。或由于异常而终止，则不会关闭打开的文件

如果您经常这样做，您的应用程序将用尽“文件描述符”。。。然后其他尝试打开文件等的操作将失败

您可以只调用
read.close（）
，但这不能处理由于任意异常而退出方法的情况

您可以使用
try{…}finally{read.close（）}
但是它很麻烦，并且有一些棘手的边缘情况

建议的解决方案
public void addNucleotide(String nuceotide) throws IOException {
    try (BufferedReader read = new BufferedReader(
                  new FileReader("testSequenceOutput.txt"))) {
        // process file
        ...
    }
}