Java 使用cTAKES解析临床文档

我正试图找出如何运行临床文档管道 来自Java。我有一套明文形式的临床文件。我想解析这些文档并提取文档doc_ID中的文档列表，这里有频率为freq的CUI。我花了几天时间安装CTAKE并寻找解决方案。我将其缩小到ClinicalPipelineWithUmls.java，在其中获得一个测试并使用AnaylisEngineDescription运行SimplePleine。以下是代码的一部分：

String documentText = "Text of document to test goes here, such as the following. No edema, some soreness, denies pain.";
InputStream inStream = InputStreamCollectionReader.convertToByteArrayInputStream(documentText);
CollectionReader collectionReader = InputStreamCollectionReader.getCollectionReader(inStream);
AnalysisEngineDescription pipelineIncludingUmlsDictionaries = AnalysisEngineFactory.createAnalysisEngineDescription(
            "desc/analysis_engine/AggregatePlaintextUMLSProcessor");
AnalysisEngineDescription xWriter = AnalysisEngineFactory.createPrimitiveDescription(
            XWriter.class,
            XWriter.PARAM_OUTPUT_DIRECTORY_NAME,
            AssertionConst.evalOutputDir,
            XWriter.PARAM_XML_SCHEME_NAME,
            XWriter.XMI,
            XWriter.PARAM_FILE_NAMER_CLASS_NAME,
            CtakesFileNamer.class.getName());
SimplePipeline.runPipeline(collectionReader, pipelineIncludingUmlsDictionaries, xWriter);
System.out.println("Done at " + new Date());

问题是它找不到“InputStreamCollectionReader”。我找过了，但至今没有成功！你能给我一个提示或指一些方向吗？

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谢谢你的帮助

您想使用

InputStreamCollectionReader

有什么特殊原因吗？另外，还有一些关于如何使用TextReader的示例。

我们为cTAKES实现了一个REST服务，它使我们能够将临床文本作为请求发送，并将分析的输出作为JSON响应返回

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您可以在以下内容中查看cTAKES REST模块。我觉得这应该是对web访问感兴趣的cTAKES用户的方式。

感谢您的回复。是的，我正在使用cTAKES提取与每个单词相关的UMLS CUI（概念唯一标识符）。我在cTAKES文档中找到了这段代码。但是，找不到“InputStreamCollectionReader”。我对这个马文和Eclips的世界还不熟悉。对不起，如果这是一个愚蠢的问题！非常感谢您的评论和提示。好的，您是否尝试过使用

TextReader

？它应该适合你。cTAKES有自己的API文档吗？@matanster-checkout-readmeWas询问cTAKESitself@matanster什么样的文件才是准确的？