Java 将不同的模式匹配到字符串

（这是一个后续问题）

所以我有一条DNA链

e、 g

我有20个不同的3字母模式（每个组合对应一个氨基酸），我想与数据匹配。我的java程序一次查看3个字母，并尝试将其与其中一个模式匹配。我想最终计算每个氨基酸出现的次数，所以当我找到匹配项时，我需要增加一个特定的计数器。我想使用java正则表达式实现这一点，因此我有：

Pattern A = Pattern.compile("(gct)|(gcc)|(gca)|(gcg)");
Pattern C = Pattern.compile("(tgt) | (tgc)");
Pattern D = Pattern.compile("(gat) | (gac)");

等等

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然而，我现在意识到，您需要为每个模式创建一个匹配器，而不能使用一个匹配器来搜索所有模式；对于我来说，实现我所要做的事情的最佳方式是什么

对正则表达式进行因式分解：

(gc[tcag]|(tg|ga)[tc])

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我不会在这里使用正则表达式。您有四个字母，因此

4^3=64

可能是三元组。只需在字符串上循环，将每个三元组转换为它的数字（

a->0，c->1，g->2，t->3

，因此

gcc->2*4^2+1*4^0=37

），递增

计数器[数字]

，并忽略结尾不需要的数字。（如果您还需要位置，在插入到适当的列表中以节省空间之前，可能需要检查当前三元组是否是所需的位置之一。）

尝试一下

String dna = "acagatgaaggaggacgcgcccccgccgctgtcctgcgcctcagccatcctatgagacgg";

Pattern p = Pattern.compile("(gct)|(gcc)|(gca)|(gcg)");
Matcher m = p.matcher(dna);

int count = 0;
while(m.find()) {
  count ++;
}

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您可以使用如下表达式

(?<gc>gc[tcag])|(?<tg>tg[tc])|(?<ga>ga[tc])

（？gc[tcag]）|（？tg[tc]）|（？ga[tc]））

但是，不能对字符串使用正则表达式。它会给你很多误报

字符串中唯一有效的氨基是GAT GCC和GCT，如果对字符串使用正则表达式，最多可以找到11个结果

因此，首先需要将字符串分成3个字符组，然后使用正则表达式将模式与之匹配

试试正则表达式：

(?<gc>gc(?=[tcag]))|(?<tg>tg(?=[tc]))|(?<ga>ga(?=[tc]))

（？gc（？=[tcag]））|（？tg（？=[tc]））|（？ga（？=[tc]））

根据你的字符串，它将产生11个结果。不是你想要的

小心你想要的，你可能会得到的。（或者比你想要的多得多）

Dim dna As String=“acagagagagacgcccgccgcctgtcctgcgccctcagcccatcctatgagacgg”
作为新ArrayList的Dim图案
对于x=0到dna。长度-1步骤3
Dim match As match=Regex.match（dna.Substring（x，3），“（？gc[tcag]）|（？tg[tc]）|（？ga[tc]）”）
如果匹配，那么成功
pattern.Add（match.Value）
如果结束
下一个

这将给你4个结果

服 -海湾合作委员会 -海湾合作委员会 -gct

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匹配所有3个有效的氨基值

您知道字符串中的边界在哪里吗？是每三个字母吗？如果你不知道，我认为正则表达式会因为一些模式会重叠而变得复杂。例如，从上面字符串的第17个字符开始，有“gcgcc”-这将匹配从第一个位置开始的“gcg”，但也将匹配从第三个位置开始的“gcc”。这些匹配项共享字符串中的第二个g，所以我怀疑这是否真的意味着在这些位置上有两种不同的酸。user1058210，让这些人做你的GC04课程作业真的不酷，你真的应该自己做。和平！

(?<gc>gc(?=[tcag]))|(?<tg>tg(?=[tc]))|(?<ga>ga(?=[tc]))

Dim dna As String = "acagatgaaggaggacgcgcccccgccgctgtcctgcgcctcagccatcctatgagacgg"
    Dim pattern As New ArrayList
    For x = 0 To dna.Length - 1 Step 3
        Dim match As Match = Regex.Match(dna.Substring(x, 3), "(?<gc>gc[tcag])|(?<tg>tg[tc])|(?<ga>ga[tc])")
        If match.Success Then
            pattern.Add(match.Value)
        End If
    Next