从命令行静默运行R，将结果导出到JSON

如何从shell调用R脚本（例如从Node.js exec）并将结果导出为JSON（例如返回到Node.js）

下面的R代码基本上可以工作。它读取数据，拟合模型，将参数估计值转换为JSON，并将其打印到标准输出：

#!/usr/bin/Rscript --quiet --slave
install.packages("cut", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("rjson", repos="http://cran.rstudio.com/");
library(rjson)
library(reshape2);

data = read.csv("/data/records.csv", header = TRUE, sep=",");
mylogit <- glm( y ~ x1 + x2 + x3, data=data, family="binomial");
params <- melt(mylogit$coefficients);
json <- toJSON(params);
json

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages
[1] "{\"value\":[4.04458733165933,0.253895751245782,-0.1142272181932,0.153106007464742,-0.00289013062471735,-0.00282580664375527,0.0970325223603164,-0.0906967639834928,0.117150317941983,0.046131890754108,6.48538603593323e-06,6.70646151749708e-06,-0.221173770066275,-0.232262366060079,0.163331098409235]}"

除非R进程不会停止打印到标准输出。我尝试了

--安静--奴隶--安静

，这些都有点帮助，但还不够。以下是发送到stdout的内容：

#!/usr/bin/Rscript --quiet --slave
install.packages("cut", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("rjson", repos="http://cran.rstudio.com/");
library(rjson)
library(reshape2);

data = read.csv("/data/records.csv", header = TRUE, sep=",");
mylogit <- glm( y ~ x1 + x2 + x3, data=data, family="binomial");
params <- melt(mylogit$coefficients);
json <- toJSON(params);
json

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages
[1] "{\"value\":[4.04458733165933,0.253895751245782,-0.1142272181932,0.153106007464742,-0.00289013062471735,-0.00282580664375527,0.0970325223603164,-0.0906967639834928,0.117150317941983,0.046131890754108,6.48538603593323e-06,6.70646151749708e-06,-0.221173770066275,-0.232262366060079,0.163331098409235]}"

在下面的帖子中运行

R--silent--slave CMD BATCH model.R

，仍然会导致大量无关文本打印到

model.Rout

：

---

这些选项只会停止R自己的系统消息的打印，而不会停止另一个R功能的打印。否则，您将停止打印最后一行，并且无法将json发送到标准输出

这些消息来自

install.packages

，请尝试：

 install.packages(-whatever-, quiet=TRUE)

它声称要减少产量。如果它将其减少到零，则工作完成

---

如果没有，那么您可以使用

sink

重定向stdout，或者在

capture.output

Aha中运行东西，就是这样！最后一个小调，有没有办法抑制前导“

[1]

”，如

[1]“{\“value\”：[4.04458733165933，

这是一个标签，告诉您它是一个长度为1的向量，它来自于在命令行上命名某个内容时发生的默认打印相反，它将打印没有标签的原始字符串。而且，它不会转义引号，这可能是您想要的。。。