Linux 在for循环中同时使用basename和绝对路径

假设我有

for i in `ls -1 /home/samples/*_1.fq.gz | sed 's/_1.fq.gz//'`
do
bbduk.sh -Xmx1g in1=$i\_1.fq.gz in2=$i\_2.fq.gz out1=/home/output/BASENAME\_clean_1.fq.gz out2=/home/output/BASENAME\_clean_2.fq.gz ref=/home/bbduk/bbmap/resources/adapters.fa ktrim=r k=23 mink=11 hdist=1 tpe tbo qtrim=r trimq=10 maq=10 
done

我试图这样做，输入（in1和in2）是绝对路径，它与当前代码一样，但是输出（out1和out2）必须是I的基本名称

这是因为我需要程序将“basename_clean_1.fq.gz”和“basename_clean_2.fq.gz”输出到与文件源不同的目录

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有什么想法吗？

使用参数展开操作名称

${i%\u 1.fq.gz}

将从

$i

中删除后缀，而

${i###*/}

将为您提供基本名称。例如：

for i in /home/samples/*_1.fq.gz; do   
    s="${i%_1.fq.gz}"
    echo basename: "${s##*/}"
    echo fullpath: "$s"
done

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使用参数展开操作名称

${i%\u 1.fq.gz}

将从

$i

中删除后缀，而

${i###*/}

将为您提供基本名称。例如：

for i in /home/samples/*_1.fq.gz; do   
    s="${i%_1.fq.gz}"
    echo basename: "${s##*/}"
    echo fullpath: "$s"
done