Linux 文件匹配的awk NR==FNR，出现了什么问题？

我有两个文件，我想找到第1、4、5、6列中匹配的行，有时可以切换第5、6列，这应该是允许的

以下是两个文件的格式： 文件1

文件2

正如您所看到的，有行与列1、4、5和6匹配

我拥有的awk线如下所示：

awk 'NR==FNR {chr[$2]=$1; pos[$2]=$4; a1[$2]=$5; a2[$2]=$6} NR>FNR && ($2 in chr) && chr[$2]==$1 && pos[$2]==$4 && (a1[$2]==$5 && a2[$2]==$6 || a1[$2]==$6 && a2[$2]==$5) {print $2}' file1 file2 > extract_results.txt

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有人能帮我理解出了什么问题吗？非常感谢

因为您没有显示预期的输出，所以基于您的查询，我编写了这段代码

awk 'FNR==NR{a[$1,$4,$5,$6];b[$1,$4,$6,$5];next} (($1,$4,$5,$6) in a) || (($1,$4,$6,$5) in b) ' Input_file1  Input_file2

编辑：根据OP的要求，我们需要获得第二个字段作为输出，因此将此代码也放在下面

awk 'FNR==NR{a[$1,$4,$5,$6];b[$1,$4,$6,$5];next} (($1,$4,$5,$6) in a) || (($1,$4,$6,$5) in b){print $2}'   Input_file1   Input_file2

如果您想将输出放入输出文件，请将上述代码中的

print$2

更改为

print$2>“output\u file”

EDIT2:虽然它不是有效的代码，但因为OP正在学习并要求修复OP的代码，所以将其放在这里

awk 'NR==FNR {chr[$1]; pos[$4]; a1[$5]; a2[$6];next} ($1 in chr) && ($4 in pos) && ((($5 in a1) && ($6 in a2)) || (($6 in a1) && ($5 in a2))){print $2}' file1 file2

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谢谢，我看到您使用file2内容作为输出。太好了。实际上，我想只输出文件2的第2列，但我可以将其与输出文件分开。你知道我原来的方法出了什么问题吗？我正试着读奥莱利的书，然后做这个。。这不是特别有效：P@Molly_K，请检查我的编辑代码，以获取file2的第二个字段作为输出，让我检查您的代码（尽管对于大型文件，可能会出现内存问题，因为您的代码使用了大量数组）。@Molly_K，好的，Molly。你的代码有很多错误，比如你分配了很多数组来检查1,2,4,6字段是否存在于其他文件中（这可以像我一样在单个数组中完成），那么不需要给它们赋值，只有字段的索引就足够了。所有阵列的密钥都是2美元，这也很混乱。我已经在我的解决方案中添加了EDIT2，为您的代码提供了一种修复，请检查一下，让我知道这是否对您有帮助？@RavinderSingh13:pluse uno一如既往地提供了一个书面的答案和技术支持。祝大家好运。谢谢@RavinderSingh13。这很有帮助。我将避免在将来使用多个阵列。我确实有大量的文件，所以它并不像你观察到的那样理想。非常感谢您的评论：）

$2

文件2中的值类似于

1:10177:A；文件1第2列中未显示的AC

。文件2中出现

$2

的前缀，但不是整个值。

awk 'FNR==NR{a[$1,$4,$5,$6];b[$1,$4,$6,$5];next} (($1,$4,$5,$6) in a) || (($1,$4,$6,$5) in b){print $2}'   Input_file1   Input_file2

awk 'NR==FNR {chr[$1]; pos[$4]; a1[$5]; a2[$6];next} ($1 in chr) && ($4 in pos) && ((($5 in a1) && ($6 in a2)) || (($6 in a1) && ($5 in a2))){print $2}' file1 file2