在Linux上并行执行接受多个输入的作业

我有一个包含路径列表的文件。e、 g:

/run/user/1007/gvfs/smb share:server=xeonator，share=c/Results/Normals/8_mo/CNMC_N_191/ /运行/user/1007/gvfs/smb共享：server=xeonator，share=c/Results/Normals/8_-mo/204-196/

我有一个程序（我们称之为“prog”），它接受3个参数、2个输入文件名和1个输出文件名。正常执行：

prog ~/A.txt ~/B.txt ~/out.txt

我希望使用基于文件每行构造的参数并行执行我的程序，例如：

prog /run/user/1007/gvfs/smb-share:server=xeonator,share=c/Results/Normals/8_mo/CNMC_N_191/A.txt /run/user/1007/gvfs/smb-share:server=xeonator,share=c/Results/Normals/8_mo/CNMC_N_191/B.txt /run/user/1007/gvfs/smb-share:server=xeonator,share=c/Results/Normals/8_mo/CNMC_N_191/out.txt
prog /run/user/1007/gvfs/smb-share:server=xeonator,share=c/Results/Normals/8_mo/204-196/A.txt /run/user/1007/gvfs/smb-share:server=xeonator,share=c/Results/Normals/8_mo/204-196/B.txt /run/user/1007/gvfs/smb-share:server=xeonator,share=c/Results/Normals/8_mo/204-196/out.txt

我一直在尝试使用xargs和gnupallel，但我无法为这些工具构建合适的命令行。以下是我的尝试：

cat ListPaths.txt | xargs -I '{}' -n 1 -P 8 ./SkullSegmenter/SkullSegmenter '{}'A.txt '{}'B.txt '{}'out.txt

但这并不能正确地构造参数。有人能帮我吗？

这个应该可以：

cat ListPaths.txt | parallel ./SkullSegmenter/SkullSegmenter {}A.txt {}B.txt {}out.txt

使用

--dry run

进行测试，以查看这些是否是您想要运行的命令：

cat ListPaths.txt | parallel --dry-run ./SkullSegmenter/SkullSegmenter {}A.txt {}B.txt {}out.txt

---

我将我的列表重新格式化为完整的命令，并使用这个问题的答案：我运行：

cat ListPaths.txt | parallel-j 8./skullsecter/skullsecter{}subjectbonewithoutsuitesindividualv2.nrrd{}RegisteredSegmentedTemplateV2.nrrd{}SegmentedSubjectV2.nrrd

I get:

SubjectBoneWithoutSuitesinDividualv2.nrrd7/gvfs/smb共享：server=xeonator，share=c/Results/Normals/18_mo/CNMC_N_118/例外行：143 subjectBoneWithoutSuitesinDividualv2.nrr读取文件/run/user/1007/gvfs/smb共享：server=xeonator，share=c/Results/Normals/18_mo/CNMC_N_118/文件不存在。SubjectBoneWithoutSuitersInDividualv2.nRderServer=xeonator，share=c/Results/Normals/18_-mo/CNMC\u N_118/

看起来只有来自文件的路径作为参数传递，它没有与文件名A、B和out合并。由于我没有使用SkullSegmenter，您可以使用命令

echo

重新测试，或者使用一些简短的输入，那么破译就不那么难了？另外：

--试运行

给出了什么？我又试了一次，这次成功了-路径传递正确。与此同时，我获得了sudo特权，这样我就可以在一个更理智的位置安装共享（

~/y

）。以

~/y/

开头的传递路径无效（未找到文件），但写入完整路径（

/home/dzenan/y/

）无效。通过SSH运行这些东西会有所不同吗？无论如何，感谢@Ole TangeGNU Parallel提供的帮助，因此如果输入是

~/y

，那么GNU Parallel将其视为

~/y

，而不是

您的homedir/y

。您可以通过在命令前面加上“

eval”

”来强制shell对其进行报价。